隨著變法的深入，光緒召見的微臣越來越多，8月間，嚴複、譚嗣同、林旭、劉光第、楊銳等人先後都入京得到這份榮光。而新政的詔書大多由康梁奏折之意出之。但是由於變法愈來愈受到頑固派的抵製，西太後的偏袒一方的態度也日趨明顯，一些原本不反對變法的中間溫和派大臣也開始隨風倒，附和頑固派為變法製造障礙。翁同龢之去，在軍機處這個中樞機構上無人出頭為變法作主，隨著頑固派搗亂的加劇，翁去後留下的缺憾愈發明顯。於是，9月5日，在變法的關鍵時刻，光緒毅然任命譚嗣同、林旭、楊銳、劉光第四位年青人為四品卿，人軍機為軍機章京，填補翁同龢去後的缺憾。
軍機章京是軍機處的中層辦事人員，其作用因人而異，有時大有時小，能人在此位上，有時作用比一般軍機大臣還大。軍機章京分滿漢兩班，每班8人，日值兩班，凡屬軍機處事務，莫不由章京具體負責辦理，小到上傳下達，大到草擬上諭。軍機章京一向都被視為實權人物，人稱“小軍機”。
譚嗣同等人被任命為“小軍機”，反映出光緒為堅持變法的良苦用心。這四個人都傾向變法，其中譚嗣同與林旭態度還相當激進。但是他們又都有一定的來頭，不象康梁那樣沒有“根基”（康有為之叔祖康國器雖當過廣西護理巡撫，但時間已久，且關係較疏，算不上是世家子弟），更不象康梁那樣名聲在外，遭人忌恨。
譚嗣同係湖北巡撫譚繼詢的長公子，譚繼詢是個出了名的循規蹈矩之人，西太後對他很放心。林旭這位白衣秀士，翩翩佳公子，本是洋務派名臣沈葆楨的乘龍快婿，又曾為榮祿幕僚。這二人又都是康有為的私淑弟子（沒有真的入門受業），與康梁的思想十分合拍，係十分健銳的維新派鬥士。尤其是譚嗣同，雖生於官宦之家，卻絕無世家子弟氣，生平好交結江湖義士，慷慨仗義，有古俠士之風。劉光第原是刑部主事，傾向變法，但態度比較溫和，有調和新舊的意向，他與張之洞有些淵源，對張之洞相當推崇，不過在被選入軍機後，表現得相當不錯。楊銳是張之洞的得意門生，長期在張之幕下，張倚之若左右手，1889年入京以舉人官內閣中書，與張之洞書信不絕，張有事托楊銳，而不托在京任職之子，可見關係之深。誠然，楊銳也同意變法，但態度上往往以張之洞的立場為轉移，所以在變法中，他的態度最為緩和。