1944年1月，高士其住進了廣西桂林療養院。經過幾天的休養與調整，已經從疲勞奔波中基本恢複過來的高士其，又閑不住了，向黨組織提出了工作的要求。黨組織看到，隨著生活環境安定下來，高士其的病情也有了明顯好轉，就根據高士其的申請與他的專業特長，決定在桂林成立一個食品科學研究所，請高士其擔任研究所的所長和東南盟軍服務處技術顧問。
這一天，東南盟軍服務處處長孟用潛同誌來看望高士其，商量籌辦食品科學研究所一事，高士其將自己的兩本科學小品集《細菌與人》和《抗戰與防疫》送給他。第二天，孟用潛和董君有同誌將根據高士其的意見擬定的冰箱、消毒用的高壓蒸鍋、蒸餾器、搖肉機，以及各種玻璃儀器的設備名單，送來給高士其過目。這些設備，除冰箱是從美國進口外，其餘都是根據高士其的設計與要求訂製的。有了這些設備，就為食品科學研究所打下了一個牢固的基礎。一星期後，高士其被接到麗君路一間小洋樓定居。這間小洋樓就是食品科學研究所的所在地。食品科學研究所隸屬於東南盟軍服務處。
食品研究所一共有十個人，包括一個男工和一個女工。男工的任務是采購兼看門；女工的任務是廚師兼清潔工。一名醫師，一名藥師，其餘六名是護士。醫師的職責，在技術上，是高士其的助手；在行政上，是食品研究所的秘書。護士的職責，是照顧高士其的生活和工作。這不是一件簡單的事情，高士其的一切動作，都需要人幫助，如穿衣、喂飯、洗臉、洗澡、大小便、上下床。至於走路、拿東西、寫字等就更不用說了。
在高士其的主持下，食品科學研究所取得了很多驕人的業績。首先是規模生產花生醬。花生醬的製法很簡單，把花生仁去皮炒熟，再用鐵製的搖肉機把它磨成醬，速磨兩次，就會出油。這樣製成的花生醬非常可口，把它放在消毒過的瓷罐裏，包裝起來，就可以運出去銷售。花生醬實驗成功後，桂林的幾家工廠爭相仿製，食品科學研究所也將在桂林的幹部家屬動員起來，參加生產。又進一步地擴大生產規模，新蓋了廠房和員工宿舍，作為食品科學研究所的附屬工廠。這樣，不僅有源源不斷的花生醬運往市場銷售，將所得利潤補貼生活，而且還以工廠為掩護，開展黨的地下工作。