1906年，2歲的高士其隨父母遷往蘇州，住倉米巷10號。
由於高士其的父親經常在外地工作，母親也常隨著到外地去，所以，高士其的童年主要是在爺爺、奶奶身邊度過的。
爺爺、奶奶特別喜歡他，經常給他講故事，念童謠。到了三四歲，爺爺就開始以《千字文》作為識字的啟蒙課本，教他識字。沒多久，高士其差不多都能認識了。爺爺、奶奶非常高興，又找來唐詩，教他背誦。就這樣，小小的孩子，在爺爺、奶奶的教育下，竟然在一年的時間內，能夠背誦《千字文》、《三字經》、《幼學須知》，還有不少唐詩。這讓高士其的爺爺、奶奶激動不已，由衷地讚歎道：神童！真神童也！
然而，就在這一年，高士其的大弟仕登突然得了白喉病，不幸離開了人間。這是高士其第一次麵對親人的死亡，但他怎麽也想不明白，怎麽好好的一個人，就突然死了呢？還是大叔給他講解了原因，由此知道世界上還有一類人的肉眼看不見的“小家夥”，叫做“微生物”。微生物裏有一類病菌，會破壞人體的免疫係統，讓人生病。譬如，白喉病就是由“白喉杆菌”侵入人的身體，在喉嚨裏長出白色的膜。這白膜越長越大，如果不能得到及時有效的治療，控製它的生長，並且徹底地消滅它，人就會因為呼吸困難，窒息而死。大叔還告訴高士其，白喉病還是一種很厲害的傳染病，主要是通過飛沫與親密接觸傳染。譬如，在大弟生病期間，大弟對著你打噴嚏，白喉杆菌就會隨著打噴嚏時的飛沫，散布在周圍的空氣裏，你吸了這樣的空氣，就會感染病菌，就會生病。如果與病人共用毛巾，同樣會感染病菌。當時的高士其，雖然隻有4歲，看見大弟離去，聽著大叔的解說，盡管還很難明白其中的科學道理，卻已經初步意識到病菌——“小魔王”的可怕了。