本書總體上采取唯物辯證法的方法論。具體來說，包括實證分析和規範分析、社會調查、實地調研、統計與計量分析、政策分析、比較分析、研討與專家谘詢等方法。本書在大範圍的實地調研和調查問卷的基礎上，進行政策分析，確保達到預期的研究目標。
主要創新之處：一是在城鄉發展一體化的大背景下考察和研究城中村，作為考察各種製度變遷、經濟利益衝突的標本，進而形成普遍意義的推進城鄉發展一體化的各種製度改革經驗，並努力為中國發展經濟學理論和案例的豐富做出貢獻。二是基於社會調查數據的定量分析。對一地級市（牡丹江市）的城中村進行全麵的調研，對村幹部、村民、鎮區幹部和城中村租戶等利益相關方進行大範圍的問卷調查，了解各有關利益主體對城中村的曆史、現狀、改造及製度變遷的偏好，作為政策建議的重要依據。三是對我國已有城中村改造的主要模式進行比較分析；對城中村產生的原因分析進行經濟、政治、法律和社會學的綜合分析。四是根據地方調查情況，針對城鄉發展一體化的要求，提出穩步推進城中村改造的思路，提出和構建城鄉一體化發展、土地、集體資產管理等方麵推進城中村改造的政策組合和措施建議，並提供了一個“公私合作（PPP）”的創新模式建議。五是注重對城中村中的流動人口、租戶的研究，並在改造方案中特別強調對租戶利益的考慮。