1787年，清高宗弘曆在審讀《四庫全書》時，發現一個叫李清的作家所著《諸史同異錄》把清世祖與明崇禎帝妄加比擬，大為惱火，下令覆勘《四庫全書》，重新對入編書目進行審查。不久，一個叫祝堃的詳校官發現了周亮工的著作中有“違礙”之處，奏準皇帝，把周亮工全部著作連同《提要》中涉及其名的地方，全部剔出、抽改。
被查出問題的是收入《讀畫錄》中周亮工寫給胡玉昆的一首五律詩，《夢至元潤家見所餞菊》：“隻似曾過境，柴桑處士居。人皆漢魏上，花亦義熙餘。質樸無繁卉，蕭條伴野蔬。此中真自好，肯更憶吾廬。”檢查官認為，其中“人皆漢魏上，花亦義熙餘”一聯，包藏著周亮工的狼子野心。義熙是晉安帝的年號，義熙十四年（418），安帝為其大臣劉裕所殺，再過兩年，劉裕便做了皇帝，改國號為宋。生活在那個時代的詩人陶淵明忠於晉室，義熙之後所寫的作品，從不用劉宋的年號，以表示自己不臣服於宋。“花亦義熙餘”，你眼裏的花都是前朝遺留下來的，那又把本朝置於何等位置呢？
康熙年間的一把大火，再加上乾隆年間的一次禁毀，周亮工留存在世上的文字更少了。
周亮工曾經說，他與胡玉昆相知最深，為他寫的詩也最多。在他死後一百多年，又是他寫給胡玉昆的詩犯了禁，以致全部著作被禁毀，這也算是為他們一生友情所做的一個殘酷的注腳吧。