漢獻帝輾轉流亡到河東等地時，沮授曾建議袁紹迎獻帝，遷都至鄴城，挾天子以令諸侯；袁紹聽後打算聽從沮授的建議，但淳於瓊等人認為要複興漢室太難，而且迎立漢帝會削弱自己的權力，勸袁紹不要用此計策，袁紹於是放棄。而這個計謀被曹操用了一輩子，而且用得相當成功，次年曹操就在荀彧的建議下迎獻帝遷都許昌，成功地挾天子以令諸侯。
袁紹命長子袁譚為青州都督，沮授反對，認為是禍胎，但袁紹堅持要令三子各據一州，以觀察其能力。袁紹死後，三子因爭位而大戰，自相殘殺，曹操沒費多大力氣就消滅了他們。
官渡之戰前夕，沮授集合宗族，大散其財，並說：“袁公在官渡勝利的話，我們就會有威無不加，但戰敗的話連自身也不能保住，真是悲哀啊！”沮授的弟弟沮宗不認同，說：“曹操的軍士馬匹沒我們多，兄長你何必懼怕呢？”但沮授看得出曹操的雄才，他說：“以曹兗州的大略，又有挾天子的資本，我們雖然攻滅公孫瓚，但軍士疲倦，將軍驕橫，軍隊的破敗正在這一舉。”
官渡之戰時，袁紹進軍黎陽，遣顏良攻劉延，沮授勸說：“顏良性格狹窄，雖然勇猛但不可獨自任用。”反對以顏良獨自領軍，袁紹不聽。曹操救劉延，斬殺顏良。
袁紹將渡河之前，沮授又認為袁軍應該留守延津，分兵進攻官渡，如果戰勝，再增兵官渡也不遲；否則，兵眾也可以安全撤離，但袁紹不聽。沮授歎息，稱病不見，袁紹因此對他懷恨在心，將沮授所率部隊交由郭圖統領。
袁紹領軍行至陽武，剛剛下定寨柵，沮授出謀劃策，他認為袁軍雖然人多勢眾，但不如曹兵英勇；曹軍雖然精銳，但糧草儲備不如袁軍。曹軍因為糧少，隻求速戰；袁軍糧食充足，應該堅守不戰，跟曹軍相持，早晚拖垮曹軍，取得戰爭勝利。袁紹大為光火：“田豐慢我軍心，我正想得勝回來拿他是問。怎麽你也這樣去做？”他命令人將沮授監押起來，等打敗曹軍後跟田豐一起治罪。從整個三國曆史來看，沮授的這一策略與後來司馬懿熬死諸葛亮的方法不謀而合。但當時的袁紹正躊躇滿誌，怎麽能聽得進去逆耳良言。