慈禧在奕集團的緊密配合下，擊敗了肅順集團，取得了決定性的政變勝利，掌握了國家的最高權力，接下來是如何穩定人心，控製大局，獎勵功臣，懲罰政敵。
控製大局的第一步是盡快組成新的領導班子，以免造成權力真空。新的領導班子的組成和獎勵有功之臣是結合在一起的。
首先要獎勵的是恭親王奕。奕在這次政變中，運籌帷幄，弛張有度，上下聯絡，左右周旋，是個掌握政變進程的核心人物。而慈禧初涉政壇，缺乏經驗，但她慧眼識人，膽略兼備，對奕，她用而不疑，付以重托，使奕放開手腳地去謀劃，終使政變成功。這次政變，慈禧設謀在先，慈安聽命於後，蕭一山評道：“凡此皆那拉氏之謀，而元後但讚成之而已。”慈禧與奕，配合之默契，堪稱珠聯璧合。因之，對奕，十月一日連發兩道諭旨，一是授予議政王兼軍機大臣，一是補授宗人府宗令。十月二日又連發兩道諭旨，一是補授總管內務府大臣，一是著管理宗人府銀庫。兩天之內，連發四諭。奕得到了除兩宮太後和幼帝之下以外的幾個最重要的職務。其中尤其是議政王這一頭銜，使他明顯地淩駕於其他諸王之上，成為兩宮太後和幼帝之下的第一人。而宗人府位居內閣、六部之上，宗令是宗人府最高長官，是管理皇族內部事務的要職。宗令有權賞罰皇族成員。這就賦予了奕明正言順地處分載垣、端華和肅順的特權。總管內務府大臣是管理宮廷事務的最高長官，因接近皇帝，掌握實權。
其次要獎賞的是這次政變的有功人員。發布上諭，任命大學士桂良、戶部尚書沈兆霖、戶部右侍郎寶，均著在軍機大臣上行走。原為軍機大臣的戶部左侍郎文祥，仍在軍機大臣上行走。而在這次政變中功勞卓著的鴻臚寺少卿曹毓瑛，著在軍機大臣上學習行走。這樣以恭親王奕為首的新的軍機處組成了。