曾國藩的同鄉好友歐陽兆熊曾經認為，曾國藩的思想一生有三變。早年在京城時信奉儒家，治理湘軍、鎮壓太平天國時采用法家，晚年功成名就後則轉向了老莊的道家。這個說法大體上勾畫了曾國藩一生三個時期的重要思想特點。
曾國藩紮實的儒家功底，是在做京官這個時期打下的。他用程朱理學這塊敲門磚敲開了做官的大門之後，並沒有把它丟在一邊，而是對它進行了深入研討。在新的環境裏，他得到了唐鑒、倭仁等理學大師的指撥，登堂入室，其理學素養達到了一個新的境界。他不僅對理學論證綱常名教和封建統治秩序的一整套倫理哲學，如性、命、理、誠、格物致知等概念，有了深入的認識和理解，而且還進行了理學所重視的身心修養的係統訓練。這種身心修養在儒家是一種“內聖”的功夫，通過這種克己的“內聖”功夫，最終達到治國平天下之目的。他還發揮了儒家的“外王”之道，主張經世致用。唐鑒曾對他說，經濟，即經世致用包括在義理之中，曾國藩完全讚成，並大大地加以發揮。他非常重視對現實問題的考察，重視研究解決的辦法，提出了不少改革措施。曾國藩對儒學，尤其是程朱理學的深入研求，是他這個時期的重要思想特點，而對於這一套理論、方法的運用，則貫穿於他整個一生。
太平天國起，曾國藩臨危受命，組織湘軍鎮壓農民起義。在這個時期，尤為鮮明地表現出他對法家嚴刑峻法思想主張的推崇。他提出要“純用重典”，認為非采取火烈般的手段不能為治。而且，他還向朝廷表示，即使由此而得殘忍嚴酷之名，也在所不辭。他確實也是這樣做的，他設立審案局，對所捕農民嚴刑拷打，任意殺戮。他還規定，不完糧者，一經抓獲，就地正法。在他看來，儒家的“中庸”之道，在這個時候行不通了。