清廷對於曾國藩兄弟明加封賞，在骨子裏卻是疑忌橫生，猜防備至。這對於一生以克己自持，謙退為懷的曾國藩來說，並不難接受，能小心翼翼地挺下去，可是天生火爆脾氣的曾國荃，就咽不下這口冤氣了。
首先，他向清廷托病，奏請開缺回籍調理，清廷略示敷衍之後，竟諭令“照準”，連一句表示溫慰的話都沒有，僅賞給人參六兩而已。
曾國荃感到滿腔冤憤，無處發泄。同治三年（1864）九月初，曾國藩由安慶再到南京，住進剛修建完成的總督署時，群僚畢賀，冠蓋雲集。曾國荃竟在大庭廣眾之下，厲聲指責清廷功高賞薄，是非不分，一時聲淚俱下。曾國藩在旁製止不住，窘急得無地自容，尷尬萬分。
曾國藩受到的猜疑更多也更早。靖港之役後他跟駱秉章、鮑超會奏湘潭之勝與靖港之敗，請獎賞立功將士。曾國藩自己則另外備一個專折，痛陳錯誤，自動請罪。折中且有“請將臣交部從重治罪”之語。不料清廷在獲悉這個湘境空前大捷的大好消息之餘，竟會革去曾國藩的禮部侍郎職，責成其戴罪“剿賊”，甚至於還由鹹豐皇帝禦筆朱諭，加以嬉笑怒罵，盛詞相責。鹹豐毫不容情地大罵曾國藩：
此奏太不明白，豈已昏聵耶？汝罪固大，總須聽朕處分。豈有自定一責問之罪？殊覺可笑！想汝是時心操如懸旌，漫無定見也！
清王朝中不少大臣忌妒曾國藩的大功而向慈禧進讒，如祁雋藻輩即引曾國藩少年時渡洞庭湖詩：“直將雲夢吞如芥，未信君山鏟不平”句，以及憶劉蓉詩：“四海一劉蓉，……他日予能訪，千山捉臥龍”句，強調曾少年便有帝王思想，便以劉先主自許，以詩為證，入情入理。當時如果不是因為湘軍的兵力使清廷奈何不得，隻好加以羈縻，同時曾國藩又善於自處，否則一定會興大獄，或是兵戎相見了。