八旗圈地使得土地高度集中到少數滿洲貴族手裏，激化了統治者與當地農民的階級矛盾。農民失去土地後不得不背井離鄉，或者淪為滿洲貴族的家奴，受盡欺淩。同時，由於當時戰爭頻發，這些被圈占的土地不是隻能改成牧場，就是因為滿洲人的生產技術低下大大降低了勞動生產率、減少了產量，農業生產反而倒退了。
康熙5年（1666年），清朝三代元勳瓜爾佳·鼇拜向康熙皇帝提出，他所在的鑲黃旗地少貧瘠，所以要求與正白旗交換土地。1668年，康熙皇帝智捕鼇拜。1669年，清政府頒布停止圈地命令，要求把這年所圈占的土地全部退還給原主。1685年，清政府再次下令停止圈地，允許壯丁“出旗為民”，並且規定今後永遠不許再做圈地這樣的荒唐事。
至此，這場曆時四十年的八旗圈地運動宣告正式結束，在一定程度上緩和了當時的階級矛盾和民族矛盾。