2000年，國家審計署統一組織了對國有以及國有控股的大中型企業的專項審計，結果發現，其中有68.46%的會計報表，無法真實反映財務狀況和經營成果。
這次審計的企業總數是1290戶，審計範圍是1999年，主要內容是資產、負債和損益情況的審計。審計結果表明，資產質量不高、資產負債損益不實等多方麵問題突出，發現大案要案線索78件，案件涉及金額6.13億元，為國家挽回損失2.72億元。針對存在的問題，審計部門提出了促進企業改革和經營管理的審計建議2946條。
審計發現，國有企業經營存在的主要問題：
一是資產質量不高，不良資產數額較大。1290戶企業中，不良資產金額合計達743.28億元，占總資產的11.01%；
二是會計信息失真現象仍然比較普遍；
三是國有資產流失嚴重，查出企業因為逃廢銀行債務、資金體外循環、改製運作不規範等問題，所造成的國有資產流失達228.8億元。
針對這一現狀，財政部於2001年5月出台了《企業國有資本與財務管理暫行辦法》，重點規範持有國有資本的各類非金融企業，劃清財政部門與企業之間的職責權限，實現國有資產與財務管理的有機結合。
該《辦法》從出資人的角度，圍繞國有資本的運動過程，規範了資產和財務管理行為。其中，在國有資本投入的管理方麵，主要規範了國有資本的界定、價值確認、保全、產權變動、產權登記等內容。
《辦法》規定，國家對企業注冊的國有資本實行保全原則。持續經營的子公司發生資不抵債情況時，母公司對其未確認的股權投資損失，不能衝減所持有的國有資本。如果需要注入資本的，按照國家有關規定以及公司章程執行；國有資本在不同企業法人單位之間的轉移，除了國家另有規定以外，都要實行有償轉讓。