初創企業啟動融資之後，為了更好地配合投資機構的盡職調查，提高資本對接效率，一般會對戰略發展、資本規劃、股權結構、內部治理、財務合規等事宜做出初步規範。盡職調查開始之後，投資機構會組織盡職調查小組入駐企業，對企業的財務、法務、業務、創始人、合夥人等開展全麵、係統地調研。一般情況下，對融資企業業務、團隊、創始人與合夥人的調查主要由盡職調查小組的組長負責，其他事項的調查可以外包給第三方機構。如果投資機構的綜合實力比較強，會組建盡職調查小組包辦所有調查事宜。
投資機構通過盡職調查可以全麵了解融資企業，發現融資企業的優缺點。同時，融資企業通過與盡職調查人員交涉，也會了解投資機構的盡職調查方式、溝通形式、對本企業的認同度等。因此，融資企業要抓住這個機會，係統了解未來可能建立合作關係的投資機構的風格與偏好。當然，融資企業也可以借這個機會，對投資機構已經完成投資的項目進行深入了解。如果說在拿到投資意向書階段，融資企業與投資企業還處於客氣寒暄的狀態，那麽進入盡職調查階段之後，融資企業與投資企業就可以劃入同一陣營，彼此之間應該增進了解，及時發現各種問題。
如果在盡職調查階段，投資機構產生了較強的投資意願，或者存在外部競爭者，一般會采取邊開展盡職調查邊談判的方式，發現融資企業存在的問題，逐步瓦解融資企業的高估值。隨著盡職調查結束，投資協議的關鍵條款也基本確定下來。但也有些投資機構會在盡職調查結束之後再商定投資協議。
盡職調查關係著企業能否順利獲得投資，企業估值是否準確，項目運作是否順利，所以，企業必須保證自己提供的所有資料準確、可靠。同時，企業盡職調查涉及內容頗多，屬於企業最高級別的調查，要求參與人員能盡到保密義務。