在《浮士德》中，靈魂以立體的形式向內延伸，在這個結構內它又分為三個層次。第一個層次（也就是表麵層次）由浮士德本人體現，他的矛盾的內心生活，他的悲歡離合，他的不由自主的追求等等就在這個層麵上展開。第二個層次屬於梅菲斯特，梅的矛盾體現為皇宮中的對立，魔鬼山上精靈們同老學究們的對立等等，女巫所在的煉丹房，則是種促使矛盾爆發的機製。梅菲斯特可以控製第一個層次，在第二個層次中，他是策劃者和展示者。第三個層次則顯現為古老的希臘風景，以及地底的母親們的風景。第三層次的風景是最為深奧的，連梅菲斯特都不能馬上把握，而是需要一個轉折性的適應。希臘風景中的主體是人麵獅們和雕頭獅們，美人鳥們，還有山洞裏福爾庫阿斯的女兒們等等，它們的古老令梅菲斯特吃驚，在它們身上，美與醜、生與死是直接統一的，今人所習慣了的那種區分對它們不起作用。而地底的母親們則是實體分離出來的影子，雖無實體，卻能達到存在的永恒。靈魂的這些層次以及對這些層次的豐富飽滿的描繪，令人信服地展示了浮士德身上那種異質的力量的來源，讓讀者看到了人性機製啟動的立體風景。
浮士德在人生的轉折點上陷入了要不要活下去的痛苦的內心折磨，他過著人格分裂的生活，內在的生命力得不到發揮，終日被淹沒在理解他人觀念的枯燥煩瑣之中，卻從未創造過什麽，而他對這種生活不甘心，決心改變局麵。在這個靈魂矛盾的第一層麵上，他同他的藝術自我相遇了。從地下鑽出來的梅菲斯特就是浮士德那出了竅的靈魂，他的模樣既令浮士德吃驚又令他感到似曾相識，於是自然而然地，浮士德開始聽他的將令。他以浮士德所不習慣的果斷、冷酷和專橫，激發著浮士德，帶領他在人生中一邊衝撞一邊體驗，從而將他的理性一步步提升。但是這個屬於靈魂第二層麵的梅菲斯特，自己也是一個矛盾，一個分裂的統一體，這不僅表現在他對浮士德的態度上（參看《梅菲斯特為什麽要打那兩個賭？》），而且也由這個層次的風景作了很好的描繪。皇帝就是這個層麵上的理性，表麵上，他的王國**欲泛濫，他自己什麽也幹不了，反倒讓人的獸性主宰了一切。但梅菲斯特自有妙法，他使理性與欲望之間展開聖戰，通過神秘的方法得勝，達到暫時的平衡，促使矛盾提升到一個高級階段。他所策劃的戰爭給讀者一種悠久的曆史感，讓人透過硝煙看到了幾千年的滄桑。布羅肯山上那些粗野的精靈們則是第二層麵上的欲望，它們人數眾多，在地獄裏擁擠著、奔跑著，一心想要搶在別人之前向上飛升，到塵世上去作惡。這些精靈們天不怕地不怕，好像誰都管不住它們。但被撇在一旁的委屈的理性（尾脊幻視者）卻暗示著欲望的運作還是有某種規律的，隻不過這個規律人不能一勞永逸地掌握而已。規律或生命的律動屬於誰的範疇？仍然是屬於篝火邊那幾個憤世嫉俗的怪人，也屬於尾脊幻視者。他們的義務不是指揮、控製，他們的義務僅僅隻是傾聽、認識欲望，並在這當中自娛。但認識本身就是一種致命的否定的力量，它不能消滅衝動，卻可導致衝動的方向、形式不斷變化，梅菲斯特因而得以永葆青春。所以說梅菲斯特是“否定的精靈”，這有兩方麵的意義：一方麵，生命本身以惡的否定的形式，摧毀一切向善的努力；另一方麵，嚴厲的深層次的意識將一切生的欲望一概加以否定，為的是達到更高層次的善。靈魂的第二層次又反映了第一層次的矛盾演化，並總可在第一層次裏找到對應的意象。在劇中，這兩個層次總是穿插出現，給人身臨其境的感覺。比如浮士德同瑪加蕾特的熱戀，就是典型的將理性拋在一邊，執著於魔鬼般的衝動的過程，其間他也有過幾次自省，但這些自省正如尾脊幻視者一樣無力，青春的生命力太蓬勃、太狂妄了。不過尾脊幻視者表麵雖軟弱，卻是有神通的，他的超人的意誌終將把浮士德的追求弄成一個圓的軌跡，魔鬼山上浮士德的徹底反省和後來的自覺承擔就是他的意誌在起作用。當梅菲斯特懷著古怪的意圖故意貶低皇帝時，浮士德就忍不住要為他辯護，因為他很久以前就看出了皇帝向善的本性，因而相信這樣一個人是不會以惡為自己生活的全部的。浮士德為皇帝辯護也就是為自己內麵那快要誕生的新理性辯護，於是他不由自主地卷進了那場荒謬的聖戰，並順從聖戰的特殊規律獲得了勝利。他們同皇帝一起打贏的這場戰爭就是浮士德同海倫那場生死戀的投影。由於抱定了善的信念，不論推動戰爭的欲望多麽卑賤（參看鬧得凶、撈得快、抓得緊這三個人的表演），人也是勝券在握。雖然這勝利成果馬上又被化解，人又陷入更緊張的矛盾中。同樣，在浮士德與海倫的關係中，不論雙方的動機多麽違反道德，多麽利己主義（一個是背叛丈夫與人通奸，一個是勾引他人之妻），兩人之間爆發的純潔的愛情終究會獲勝。雖然愛的結果是矛盾緊張化導致破裂，最後一切化為了一場空。這其實也是衝動帶來的認識暫告一段落，浮士德同那位皇帝一樣，又進入了更高的理性境界。在作者的作品裏，靈魂中這兩個層麵的演出如同博爾赫斯描寫過的兩幕劇一樣，以不同的形式表演著同一件事，前台與後台，內與外天衣無縫地構成了劇中劇，而觀眾，需要極其敏銳的感覺，才能窺破其間的奧秘。