好在左宗棠的行軍速度夠快，終於趕在東撚軍之前，占據了函穀關這一座險關要塞。雙方在此交戰，僵持了十餘天後，西撚軍戰敗棄西安，北逃而去的消息才傳到了這裏。與此同時，東撚軍西進救援的意義已不大萌生退意，而李鴻章的一部淮軍，則不失時機地堵到了這股東撚軍的背後，使其進退不得。左宗棠原本打算聯合淮軍前後夾擊，徹底消滅函穀關前的這股東撚軍，可誰承想到，前來的淮軍，根本就不聽左宗棠的調遣，也根本就不理會他合擊敵軍的建議。不管左宗棠是攻是退，他們隻是圍而不打，這可把左宗棠氣得不行。可無奈的是左宗棠，又哪裏有什麽第二選擇，他一旦退出函穀關，這股東撚軍勢必通過函穀關，進而流竄至關內作亂，他隻能選擇硬攻硬打，要麽將這股東撚軍擊退，要麽將其徹底消滅。至於這股被圍困的兩萬東撚軍，他們其實也沒有別的選擇，前麵的左宗棠雖然占據險關要寨，但是他手上的人馬畢竟隻有區區四五千人。而他們背後的淮軍，卻足有三萬餘人，兩相比較之下，這股東撚軍想要突圍，最好的選擇，隻能是強攻占據函穀關的左宗棠。
這時候，左宗棠算是看透了，淮軍之所以圍而不打，逼迫自己與這股東撚軍硬拚的險惡用心。其一是，他們分明是想要坐山觀虎鬥，來個螳螂捕蟬黃雀在後的戲碼，坐等自己與這股東撚軍拚的兩敗俱傷後，才肯出來撿個便宜。其二還有一個原因則是，李鴻章被朝廷任命為東路剿撚統帥後，便向朝廷上奏，建議在東路、西路兩名剿撚統帥中，擇出一人為剿撚主帥，剿撚主帥有權調用東西兩路所有剿撚軍隊，以更好的相互配合，達到順利剿滅東西所有撚軍之最終目的。
李鴻章雖然沒有在奏折中，表明自己有意爭當剿撚主帥的目的，但是其意圖，亦如司馬昭之心路人皆知。朝廷自然也是明白不過的，但是考慮到左宗棠，無論是資曆、能力還是戰功，都不輸於李鴻章，朝廷為了平衡湘淮兩係勢力，最好的辦法，就是讓他們在地位上保持勢均力敵的態勢。因此，遲遲沒有下旨，表明要封誰為剿撚總統帥，依然讓李鴻章和左宗棠各自保持現狀，所以才形成了現在這種誰也不聽誰的、誰也不配合誰的局麵。