同治五年秋，北方的撚軍越發勢大，剿撚欽差大臣曾國藩,因剿撚不利而上奏朝廷，請派善戰的左宗棠北上，負責剿滅流竄在陝甘寧作亂的西撚軍，以分擔自己在中原一帶的剿撚壓力。九月，朝廷正式下旨命左宗棠為欽差大臣，赴陝西督師陝甘寧三省官軍剿滅西撚軍。
與此同時，左宗棠傾注大量心血，督造組建的福州船政局已經初具雛形，他不太放心交給外人去管。而且，左宗棠明白無論自己以後是興辦洋務，還是統兵治亂都需要大量的財糧作為後盾，可是他對腐化嚴重的朝廷，已經十分失望，並不指望著，屆時朝廷能夠全力支持他做事。而在閩浙一帶，這幾年在左宗棠的治理下，當地發展蒸蒸日上，日後一定可以成為一處重要的財稅重地，左宗棠不願意輕易放棄，自己苦苦耕耘留在這裏的利益。可是朝廷本就對湘軍一派將領多有猜忌，如果抗旨不尊，恐怕少不得會受到一番口誅筆伐，以及各種製衡打壓。
左宗棠思前想後，最終決定不帶一兵一卒，隻身一人奔險地，即刻前往陝西赴任剿撚統帥。他舉薦自己的心腹愛將蔣益灃為浙江巡撫，代自己治理浙江，舉薦自己的好友沈寶禎為福建巡撫，代自己繼續督建福州船政局。蔣益灃、沈寶禎，再加上留守在閩浙數萬湘軍，左宗棠自信，即便自己不在閩浙，也依然能遙領此地，不被外人竊取得利。
當紫禁城內的慈禧，接到左宗棠的兩封舉薦信後，大為惱火，剛要下旨駁斥掉左宗棠的所有請求，卻被一旁的奕?勸住。
奕?直言道：“太後，這左宗棠為人人秉性，可與曾國藩是完全不同的，他輕易不會向朝廷提出什麽過分的請求，然而一旦他對朝廷有所求，那麽態度就會相當堅決，輕易不容駁斥，否則，以他剛烈不羈的性格，指不定會做出什麽事情來呢。”