1932年，熊十力又有了兩個重要“成果”，一個是耗時6年的嘔心瀝血之作《新唯識論》文言文本，由浙江省立圖書館出版發行，馬一浮欣然為之作序，對該著作給予了極高評價，認為熊十力的學識已經超過了道生、僧肇、玄奘、窺基等過去佛家大師。另一個是收下北大學生牟宗三為弟子。牟宗三後來也成為了哲學家、哲學史家，是現代新儒家的重要代表人物之一。
《新唯識論》的出版本來是一件值得高興的大事情，可是，令熊十力沒有想到的是，新著的麵世竟然在佛學界引起軒然大波，甚至有人罵他是佛門叛徒。這究竟是怎麽回事呢？
《新唯識論》是熊十力最主要的哲學代表作，標誌其哲學思想體係正式形成。在書中，他既繼承又改造了佛教中的唯識宗，在本體論方麵，接受了唯識宗的萬法唯識思想，認為識或本心是宇宙的本體、萬化的根源。同時，在對唯識宗的阿賴耶識和種子說的層層破斥基礎上，熊十力建立了自己體用不二的本體論，並由此出發建構了獨具創意的翕辟成變的宇宙論和性量分殊的認識論。
由此可以看出，熊十力雖然曾在南京內學院苦讀佛經近三年，又在北京大學講授唯識學，還跟很多佛學名家談佛論經，但是，最終也沒有成為一名虔誠的佛教徒，而是成為了一名理性的哲學家。
也許可以作這樣一種推測：從當年梁漱溟撰文點名罵他不懂佛學的時候開始，熊十力就是帶著一種批判的心態進入佛學世界的。熊十力從小到大就是一個不信佛的人，梁漱溟點名罵他不懂佛，這便給了心高氣傲的熊十力一個巨大的刺激，“你說我不懂，我偏要搞懂；不僅要搞懂，還要搞透；不僅要搞透，還有搞出新名堂來”。也許正是懷著這份強烈的自尊，他毅然走進了內學院，在佛學殿堂裏做了一名“臥底”——是的，正如諜戰片裏的間諜一樣，熊十力打入到佛學殿堂的內部去，對其紛繁複雜的結構了然於心後，再對那些脆弱的地方發起攻擊。