傷愈後的熊十力從醫院回到樂山烏尤寺。不久，複性書院正式開學，熊十力作《複性書院開講示諸生》，就書院規製、地位、性質和研究旨趣等問題，以及學風、學習方法等問題，給學生們作了長篇談話。他的“開學第一課”非常振奮人心，使得在座的學生都看到了未來的希望，暗暗下定決心，好好地在書院裏學習。
然而，隨著時間的推移，在複性書院裏，熊十力越來越感到憋悶，這種憋悶主要是由於書院的“掌門人”馬一浮引起的。是的，其實從書院創辦之初，馬一浮的很多想法就與熊十力的想法存在著衝突。比如說，馬一浮主要希望通過複性書院培養“幾顆讀書的種子”，所以主張學生自願就讀，其他一切都不管，不管住宿生活，也不管畢業分配，而熊十力則希望書院能夠考慮學生的實際生活問題，包括就業等。還有，熊十力希望書院能夠逐漸擴大規模，辦成北京大學那樣的一流學校，並像校長蔡元培那樣能夠“循思想自由原則，取兼容並包主義”，而馬一浮則主張循序漸進辦學，“書院規製大小，從緣而定”，換言之，就是任其發展，能大則大，大不了的話，小也未嚐不可。
馬一浮也是一個極具個性的人，當然不肯輕易改變自己的主張，熊十力更是堅持己見，寧折不彎。古人雲：道不同，不相與謀。所以，經過一番認真考慮後，熊十力在10月下旬向馬一浮提交了辭呈。
這就是熊十力的個性所在，合得來就合，合不來就走。當年，他與陳銘樞的交往也是如此。
其實，熊十力與陳銘樞的交情不可謂不深。1928年，陳銘樞任廣東省政府主席，熊十力正貧病交困，陳邀請熊去廣州任高級參謀，熊不去；陳銘樞便送錢，熊十力不收。陳銘樞堅持要送，熊十力說：“那好，我每月生活費大洋三十元，你如果舍得，就送吧。”陳銘樞果然按月寄來三十元，熊十力隻得“笑納”。有一次，陳銘樞的出納員忘了寄錢，熊十力立刻給陳銘樞去了一封信，上書一百多個“王八蛋”。陳銘樞接信後，二話不說，趕緊命人將錢補寄到位。