從1938年春天入川，到1946年春由川返武漢，熊十力在四川整整漂泊了8年。這8年裏，他多次輾轉遷徙，而且還受過傷，可謂生活困頓；這8年，他看到日軍的鐵蹄踐踏中華大地，生靈慘遭塗炭，他內心的痛楚如巴山一樣沉重，如蜀水一樣綿長。然而，作為一個學者，他並沒有因為環境的艱難和精神的壓抑，而停止學術的探索。
1938年夏天，熊十力寫成6萬字書稿《中國曆史講話》，後由重慶中央軍校石印；8月，他在《文哲月刊》上發表論文《科學真理與玄學真理》；冬天，他指導錢學益將《新唯識論》文言文翻譯為白話語體文。
1940年夏天，《新唯識論》白話語體本上卷由呂漢財資助印刷出版兩百本，《十力語要》由周封歧資助印刷四百本。
1941年，他著手將《新唯識論》中卷改寫成白話語體本。
1942年正月，《新唯識論》上中兩卷的白話語體本，在居正的資助下，由勉仁書院哲學組出版。他還在《思想與時代》雜誌上發表《體相論》《儒家與法墨》《談生滅》《答謝幼偉論玄學方法》等論文。
1943年春天，他完成《新唯識論》下卷白話語體本改寫工作，在《思想與時代》雜誌發表《哲學與史學——悼張蔭麟》；在《孔學》雜誌上發表《研究孔學宜注意大易、春秋、周官三經》。
1944年3月，《新唯識論》上、中、下三卷白話語體本，共計37萬字，由中國哲學會列為“中國哲學叢書甲集”第一部著作，由重慶商務印書館出版，在《哲學評論》雜誌發表《新唯識論問答》《說易》《論性》《論文》《情感與理智》《談郭象注》等一係列論文，還替居正、李西屏、謝幼偉等人的著作寫序。在《三民主義》半月刊發表論文《與人論執中》，這一年，他還曆時近十個月寫完《讀經示要》一書。同年，他在《圖書集刊》《中國文化》《三民主義半月刊》等刊物分別發表《重印周易變通解序》《說食》《公誠與自由》等文章。12月，《讀經示要》全書三卷，由中國哲學會列為“中國哲學叢書甲集”之三，由重慶南方印書館出版。