南宋孝宗淳熙十三年（1186年），宋慈出生於一個官吏家庭。父親宋鞏，曾做過廣州節度推官。宋慈少年授教於同鄉吳稚門下，吳稚是朱熹的弟子，因此，宋慈有機會與當時有名的學者交往。朱熹便是程朱理學的開創人之一。
程朱理學，在宋朝時一度盛行。這是一個龐大完整而又十分精致的唯心主義思想體係，是程顥、朱熹等人發展出來的儒家流派。程朱理學認為理是宇宙萬物的起源（從不同的角度認識，它有不同的名稱，如天、道、上帝等），而且它是善的，它將善賦予人便成為本性，將善賦予社會便成為“禮”，而人在世界萬物紛擾交錯中，很容易迷失自己“理”的本性，社會也便失去“禮”。宋理宗（1225—1264年）在位時，程朱理學被抬到至高無上的地位，成為不可爭議的官方統治思想。其代表人物程顥、朱熹等被分別諡為“純公”、“文公”，並從祀孔子廟，榮耀至極，可見此時理學影響之大。宋、元、明、清時期，曆代統治者多將程顥朱熹的理學思想扶為官方統治思想，程朱理學也因此成為人們日常言行的是非標準和行為準則。
在南宋以後六百多年的曆史進程中，程朱理學在促進人們的理論思維、教育人們知書識理、陶冶人們的情操、維護社會穩定、推動曆史進步等方麵發揮了積極的作用。同時，它對中國封建社會後期的曆史和文化發展也有巨大的負麵影響。不少人把程朱理學視為獵取功名的敲門磚，他們死抱一字一義的說教，致使理學發展越來越脫離實際，成為於世無補的空言，成為束縛人們手腳的教條，成為“以理殺人”的工具，從而反映出它的階級和時代的局限性。
作為當時著名理學大師朱熹的同鄉和後學，宋慈少年時期就曾受過理學的係統教育和長期熏陶。而宋慈的父親為他取名慈，字惠父。“慈惠父”三字可以這樣解釋：期望他將來成為一個恩德慈及百姓、賢名垂於青史的父母官。這樣的家教或者說家族理想的力量也是不可忽略的。