宋慈在二十多年的仕宦生涯中，為官清廉，生活樸實，一生無其他嗜好，唯愛收藏異書名帖，喜金石刻。晚年的他更加謙虛謹慎，愛惜人才，後生晚輩中，凡有一技之長，都會得到他的提拔引薦。他年老時有病在身，但一切公務，他必親自審察，還是一如既往地一絲不苟，慎之又慎。
宋理宗淳佑八年（1248年），宋慈任寶謨閣直學士，奉命掌管刑獄的工作。在此期間，他兢兢業業，聽訟清明，決事果斷。翌年，升任煥章閣直學士、廣州知州與廣東經略安撫使。有一天，他忽患頭暈病，盡管如此，他仍然參加了祭孔典禮。從此以後，他的身體健康狀況越來越不好，同年三月初七，宋慈終因病魔纏身，久治不愈，病逝於廣州寓所，享年64歲。次年七月十五日，歸葬建陽縣崇雒裏（今崇雒鄉）建陽宋氏祖居地昌茂村。宋理宗親自為宋慈書寫墓門，以此憑吊宋慈功績卓著的一生。並賜贈朝儀大夫，讚譽他為“中外分憂之臣”，親手題寫墓碑“慈字惠父，宋公之墓”。
七百多年過去了，他仍然活在長汀人民的心中。為了紀念宋慈在長汀的政績和功德，人們在汀江河畔立碑建亭，以示對他的永遠懷念。後來宋慈的墓地遷至福建建陽市崇雒鄉昌茂村西北，雖經戰亂、兵禍，宋慈的事跡和身世也逐漸模糊，但《洗冤集錄》卻時時提醒人們，曆史上曾經有一個兢兢業業的大宋提刑官，曆史上曾經有一個重證據實的理性年代，即使七百多年過去了，人文大宋依然得到了世界的推崇。文明的力量是長久的，而暴力征戰隻能得逞於一時。
或許是由於《宋史》無傳，宋慈的一生行跡隻見載於劉克莊為他作的《宋經略墓誌銘》，以及清人陸心源《宋史翼》中的《循吏傳》，以致後人對宋慈的了解很難詳細而全麵。特別是《洗冤集錄》在總結前人斷案經驗時，基本上刪去了具體案例的情節，而隻是提煉那些帶有規律性的檢驗方法與技術。至於宋慈在提刑司一職上究竟都處理過哪些刑案，除去劉克莊所作墓誌銘籠統地提及治理贛閩“鹽子”剽掠以及在廣東八個月內處決死刑等重大案件二百多件以外，文獻中沒有更多的線索。這就使得後人隻能從“循吏”的角度去認識和評價宋慈。這種具體史事和案例的缺失，卻也為後人用文學藝術手段去重塑宋慈形象（即所謂“戲說”）留下了充分的想象的空間。