1916年12月26日，蔡元培接受了北洋政府大總統黎元洪請他出任北大校長的委任狀。次年1月4日，他於北大上任，挑起了這個曆史的重擔。
一
1916年9月1日，身在法國遊學的他，就收到了時任民國政府教育部長範源濂發來的電報：聘請他擔任北京大學校長。
1912年，蔡元培就任民國政府第一任教育部長時，就曾聘範源濂出任教育部次長。因範源濂不屬於同盟會，所以蔡元培的邀請在國民黨引起了反對，但他堅持己見：“現在是國家教育創製的開始，要撇開個人的偏見、黨派的立場，給教育立一個統一的智慧的百年大計。”
四年後，兩人位置剛好倒轉。當時北京大學建校才18年(1898年京師大學堂建立)，這所“皇家大學”官僚氣和衙門氣濃厚，教員多是官僚，他們不學無術，學生為了仕途，還是阿諛奉承。
陶希聖先生對那時的北大曾這樣回憶：“民國初年，貴族子弟仍然不少，文科那邊有一個學生坐自用人力車(洋車)來上課……兩院一堂是八大胡同(當時的妓院集中地)受歡迎的重要的顧客。兩院是國會的參眾兩院，一堂就是北京大學——京師大學堂。”
當時，北大的腐敗名聲，聞者眾多，朋友們曾勸蔡元培不要去，擔心他“進去了，若不能整頓，反於自己的名聲有礙”，然而，他卻已下定決心，他在給國外友人的信中這樣說：“吾人苟切實從教育入手，未嚐不可使吾國轉危為安。而在國外所經營之教育，又似不及在國內之切實。”
事實上也是這樣，他一直都希望“教育救國”，通過整頓教育達到改良社會的目的。他到任那天的情景，據當時正在北大上學的顧頡剛後來回憶：校工們在門口恭恭敬敬排隊向他行禮，他卻“脫下自己頭上的禮帽，鄭重其事地向校工們回鞠了一個躬，這就使校工和學生們大為驚訝”。