蔡元培既是一個理想主義氣質濃重的人，又是一個實幹家。他不僅在北大，而且在我國整個現代教育史上，都已成為大學校長的楷模，更是一種象征與啟示。
中山大學曆史係教授袁偉時在接受《中國新聞周刊》記者采訪時，這樣評價蔡元培：“他曾經做官做到國民黨的中常委，但他不是政治家，在政治上他曾被人利用；在學術上，他曾有過倫理學等方麵的論述，但遠遠比不上他在教育事業上的成就：他將北大辦成了中國第一所真正意義上的現代大學。”
蔡元培認為，要發展我國的教育事業，辦好高等教育是關鍵。正如他所說：“自己的興趣偏於高等教育，在高等教育方麵多參加點意見。”他長時間任職校長，積累了豐富的大學教育實踐經驗，形成了係統、頗有創建性的大學教育思想。
確立辦學原則——思想自由，兼容並包。他從大學應該是研究高深學問的學府這一理念出發，提出了“思想自由，兼容並包”這個辦學原則。他認為，大學應該容納不同學派，廣泛吸收各種人才。如果抱殘守缺，持一孔之見，守一家之言，是不可能成為真正高水平的大學。這個辦學原則，主要體現在對待學說和教員兩個方麵，學說必須由人提倡、宣傳和發展，教員又以研究、傳授學問為己任。
明確大學的性質——研究高深學問之地。他認為，大學應當成為研究高深學問的學府，這是辦學的指導思想，也是他教育思想的出發點。1912年5月16日，他以教育總長身份，出席北京大學開學典禮時就提出“大學為研究高深學問之地”。1917年1月9日，他就任校長的演說中，明確地向師生說明：“諸君來此求學，必有一宗旨，欲求宗旨之正大與否，必先知大學之性質。今人肆業專門學校，學成任事，此固勢所必然。而在大學則不然，大學者，研究高深學問者也。”