1945年9月23日，竺可楨在重慶《大公報》上發表《我國大學教育之前途》一文，針砭時弊說：“若側重應用的科學，而置純粹科學、人文科學於不顧，這是謀食而不謀道的辦法。”“目今我國社會，仍然充滿了這種功利主義。大學裏邊的課程，支離破碎，隻求傳教零星有用的知識，而不注重理智的培養。大學生認定院係，不問其性情之是否適合，而隻問畢業後出路之好壞，待遇之厚薄。選擇科目，不問其訓練之價值如何，而專問其是否可應用到所選定之職業。在大學內通才教育與技術教育理應並重。”
這些話，囊括了他的大學教育思想，如今聽來，依然如芒在背。總體來看，其教育觀可歸納如下：
一、強化基礎
竺可楨一到任，就曾提出要避免學生聒噪進入專業學習而忽略基礎，提倡學院一年級不分係。他認為“大學一二年級中，工院自宜打定數理良好基礎，文法等院自宜重視文學、經濟以及中外曆史，以備專精。雖然彼此不可偏廢，仍宜互相切磋，不限係院，庶幾智識廣博，而興趣亦可盎然”。
而教育部召集大學課程標準委員會討論大學課程，做出一年級不分係的決定，是在1946年，比他晚提出了一年。
他還要求第一等的教授親自到教學一線，旨在強化數理化、國文、英文等基礎課程。
他還鼓勵學生跨院跨係選修課程，提高學科能力和興趣發展。而且他很不滿學校隻重知識傳授不重道德陶冶，曾指出：“目前我國大學裏有一種極壞的現象，就是教師在校上課，退了講堂以後，就與學生分手不見麵，這種教而不訓的製度，急應改良。”“要曉得最好的訓導是以身作則，這個理論，無論古代的學府、書院，今日新式的大學，統可以應用。”
在天目山時，他在日記中寫道：“天目山實為導師製之理想地點。如昨星期日，天氣既佳，秋高氣爽，導師與老師均群出外散步，每人約率十七八人，男女各有，又不分係。”