1935年，“一二·九”學生運動爆發，很快波及全國。浙大學生發動杭州近萬學生，11日舉行抗日示威遊行。當時，浙大校長郭任遠，竟按國民黨旨意，用軍警鎮壓學生，逮捕學生代表12人。這激發了學生積壓已久的憤怒，學生們當即罷課，發表驅郭宣言，要求撤換校長。
一
1936年1月12日，蔣介石親自到浙江大學訓話，然卻未平息學生怒火，不得已，隻得更換校長。
在陳布雷、翁文灝等人的推薦下，竺可楨因為學術成就卓越、富有威望，更是浙籍，最終成為新校長人選。
1936年1月28日，一次私人宴會上，地質學家翁文灝碰到竺可楨，遂將他入校長人選的消息告知；2月11日，翁又登門造訪，說陳布雷提議竺可楨出任浙大校長，他想了想說：“若能於浙大有所補益，餘亦願竭全力以赴之。”2月16日，陳布雷托人捎口信，說蔣介石約見。他立即去請教蔡元培，蔡元培笑笑說：“最好不去浙大，但蔣不可不見，見麵時予以婉拒。”2月21日，蔣介石召見竺可楨，他推說自己在中央研究院氣象研究所任所長，需與中央研究院院長蔡元培商議後再定。
他的猶豫不決，原因有二：一是放不下氣象研究所的工作，自1928年氣象所創辦，他一直任所長，工作剛有起色，不願分散精力；二是擔心“大學校長其職務之繁重10倍於研究所所長”，他更願意將時間和精力花費在科學研究上。
他躊躇不決，夫人張俠魂卻鼓勵他出任校長；張俠魂的二姐、當時任立法委員的張默君，也勸他當校長，還可為整頓教育、轉變學風貢獻一份力量；陳布雷的弟弟陳訓慈也來函勸道：“浙省文化近來退化殊甚，需一大學為中流砥柱。”這句話觸動了他的心。
經過再三考慮，他決定接任浙大校長。
3月8日，他將想法告訴陳布雷，通過陳布雷向蔣介石提出了就任校長的三個條件：一，校長有用人全權，不受政黨幹涉；二，財政須源源接濟；三，時間以半年為限。