1927年3月，北伐軍攻占南京，歐美列強炮擊南京，造成中國軍民死傷2000餘人的“南京慘案”，國民革命軍亦槍殺了金陵大學副校長文懷恩等西方傳教士。南京城內氣氛緊張。5月，校長美國人德本康夫人及外籍教員辭職離校。
此時，首屆金女大畢業生徐亦蓁被推舉為新執行委員會主席兼董事會主席，徐亦蓁上任後立即表示：新校長非吳貽芳莫屬！
當時，吳貽芳正在美國密執安大學攻讀生物學。1928年，她博士畢業，謝絕所有外聘，毅然回國，11月在闊別9年的母校金陵女子大學宣誓就職。那年她剛滿35歲。
一
吳貽芳立誌要“為中國女子提供最好的教育”，上任後，采取了一係列措施：擴大生源，擴充科係，重視基礎知識，發揮教師的主導作用和加強學生的常規訓練。經過數年努力，學校有了很大的發展。
她首先明確了學校的辦學宗旨。她說：“當時學校用‘厚生’作為校訓，立意為：人生的目的，不光是為自己活著，而是要用自己的智慧和能力來幫助他人和社會，這樣不但有益於別人，自己的生命也因之而更豐滿。學校用這個目標來教導學生，並通過學校生活的各方麵以潛移默化的方式引導學生向這個方向努力。”
她的這個辦學宗旨，來源於她所看重的基督教傳達的積極人格價值：獻身自我服務眾生。然後她進行調整，淡化了宗教目的，注重學問與道德。
她在就職演講中說：“金女大開辦的目的是應光複後時勢的需要，造就女界領袖，為社會之用。現在辦學，就是培養人才，從事於中國的各項工作……學校於國學科學同時並重，既培養了中國學者的思想，又能得到科學家的方法，然後到社會上去，才能應各種的新需要，運用自己所學，貢獻給各種工作。”