吳貽芳獨具特色、頗具針對性的教育思想，是在長期辦學實踐中，根據女性特點，不斷探索創新逐步形成的，歸納起來，有如下幾個特點：
鮮明的教育目標——培養女界領袖
她在1928年的就職演說中說：“金女大開辦的目的，是應光複後時勢的需要，造就女界領袖，為社會之用。”
這裏的女界領袖，是那種既能腳踏實地服務社會，又能對女性解放有所貢獻的人才。她在接任金陵女大校長時，學生多為政府官吏和自由職業者家庭後代，對女性解放、培養女界領袖有很大局限性，因此她擴大了招生範圍，隻要通過入學試，不看出身均可入學。
她希望能夠通過高等教育，喚起女性的自救意識，從而重新認識自我，真正解放女性。
全人教育觀——德智體群美全麵發展
她主張發展女子“全人教育”和“人格教育”，明確提出：“發展學生在德、智、體、群、美五個方麵的全人發展。”德——樹立自立自強、獨立自主的價值觀和愛國救國的政治觀念；智——在文理兼備的綜合理論知識基礎上，具備社會實踐能力，真正擁有較強的實踐動手能力和社會就業能力；體——擁有健康的體魄和美好的形象，把美育作為女性終身體育事業；群——積極參與貢獻於社會，建立和睦的人群關係，促進女大學生的“社會群化”；美——內在美和外在美同時兼備，在擁有高尚道德情操、愛國情懷的基礎上美化自身外表。
她的教育觀反映在治學態度上，就是嚴謹、嚴格。如學生入學第二年，需進行英語綜合測驗，及格升級，不及格需補修，再考再不及格，必須自動退學；學生基礎知識要紮實，同時進行主輔修，文科生需掌握一定理科知識，理科生需掌握一定文科知識。這樣女大畢業的學生綜合素質都很高，畢業後適應力很強，且出成績很快。