1910年末，陳鶴琴將滿19歲，以優異成績從蕙蘭學堂畢業。他希望繼續讀書，得到了做生意的小哥支持。
一
當時，有兩所大學可以選擇，一是教會辦的上海浸禮會大學(即後來的滬江大學)，另一所就是當時在國內赫赫有名的聖約翰大學，也叫梵王渡大學。
當初送陳鶴琴到蕙蘭讀書的姐夫，此時又竭力鼓動他去投考聖約翰。次年2月，他如願考入了聖約翰，開始了新的學業。
他剛進聖約翰時，因為歲數稍大，也是從一年級下學期插班開始的。校長看著眼前這個矮個子圓臉盤的學生，滿臉誠懇神情，交上來的蕙蘭成績單各科都不錯，因此就答應把他先插班在一年級下半學期試讀兩周，若讀得好，可以升上去，若讀不好，則將被退回中等科。
他隻有硬著頭皮，拚著命去死讀書。他後來回憶說：“全校五六百個學生中每天起得最早的總是算我了。功課雖考不著第一，起早的頭名沒有人敢來搶的。”
他的第一道門檻是英文。聖約翰的課程除國文外，理化算學曆史等都是用英語講授，課本也采用英文教材。因為他是中途插班，大學一年級上半學期課程沒學過，他感到有些吃力。經過一個階段適應環境，他依然像在蕙蘭讀書時那樣的堅韌、勤奮和刻苦，終於跟上了課程進度。一年的功課須半年學完，他讀得實在辛苦。學期結束，各門功課，他每門都及格，唯有拉丁文一門隻考了59分，下一學期需要補考。
宣統三年(1911年)6月，陳鶴琴的小哥，從報紙上看到了清華學堂在國內招考的消息。清華學堂是由用美國所退還的部分庚子賠款建立的留美預備學校，清廷為選拔留學人才，在全國各省招考。按規定，凡年齡在15歲至18歲者皆可報名投考。初試由各省提學使主持，複試由學部尚書主持。這是清廷所舉辦的第三批選拔留美學生的考試。