翁同龢的奏本得到了皇帝的采納，光緒皇帝就在這年農曆四月二十八（即公曆1898年6月16日）召見了康有為。翁同龢曾經給自己朋友廖壽豐說：“此次召見的結果可以決定我本人的去留。假如康有為能夠迎合皇帝的意願，我就可以留任，否則我隻能辭職。”還說：“假如龍舟節依然例行賞賜，那就用不著擔心，危險就消除了。”從中可以發現，翁同龢清楚自己已經得罪了西太後，唯恐自己也會麵臨張蔭堂的處境。當時，張蔭堂也曾因為政見不合而引起西太後不滿，隨後被罷免官職。康有為應召之後，光緒皇帝非常高興。康有為就懇求皇帝保留張蔭堂的職務，以至於到了後來變法實施過程中，張蔭堂頗受光緒皇帝的器重。不過，西太後非常厭惡張蔭堂，正在尋找鏟除他的機會。翁同龢在當月請了幾天病假，估計是他已經預料這幾天會出現大變動，所以才請了假，回避幾天。光緒皇帝在下達決心變法的諭旨之前，還特意來到頤和園向西太後做了稟告並進行了商議，還特別召見了榮祿。西太後給皇帝說：“隻要在不違背大清祖宗法紀、不損害滿洲勢力的情況下推行新政條款，我是不會幹涉的。”另外還說：“翁同龢必須鏟除，不能再猶豫了。”“此人最近不斷蠱惑人們排斥滿族人，恐怕要危及朝廷。”榮祿向光緒皇帝舉薦了一位維新人物：湖南巡撫陳寶箴之子。這件事似乎很風趣，榮祿在開始並不是極力反對變法的人，後來是因為形勢所迫，以至於到後來勢不兩立，即便是前邊自己舉薦的人，他也被迫當作仇敵。走到這一步，榮祿並非是忽然間改變政治立場，真實原因是當時維新派已經將他們逼到了危險境地，而他們的所作所為太超乎人們的預料了。
殿試將在第二天公布，正如皇帝所說，這是舊科考製度下的最後一次科考。初始考定的狀元是一位江蘇人，西太後卻換成了一位貴州人，足見西太後對翁同龢的憎惡，以至於牽涉到了翁同龢的故鄉。為此，皇帝又下達了一道諭旨，勉勵皇族子弟出國留洋，鼓勵親王、貝勒出國遊曆，去考察外國的政治製度。滿族王公看到這陣勢都非常震動，感覺“這樣等於破壞了中國的禮數，將滿洲人的勢力推到危險境地”。這道諭旨下達後的次日，翁同龢的假期就到了，他回朝和軍機處同僚去接受太後召見，等他接過一份上諭來看，竟然是罷免他職務的諭旨。這是光緒皇帝親政後西太後首次公然幹涉朝政，意圖袒護滿族人，也想保全皇帝。諭旨內容是：