皇帝再次下達諭旨，下令整頓駐防在京師的滿族軍隊，此前軍隊的腐敗狀況在一定程度上得到了整治。皇帝還下令各個省份廣開學堂，學習新學。其間，有一個名字叫文悌的禦史，他上了奏本彈劾同僚宋伯魯、楊深秀二人，言說他們因為和許應騤有隔閡，就上奏欺騙皇帝，引發皇帝和西太後之間的矛盾。這個奏本引得皇帝大動肝火，馬上罷免了文悌的官職，還斥責他胡說八道，挑撥是非。文悌就懇求懷塔布去頤和園向西太後求情，西太後沒有應允，估計是不想因為這點小事讓皇帝為難。西太後就這樣平靜地觀察著維新派的行動，目的想讓他們放火自焚，自取滅亡。西太後任命自己的心腹裕祿進入了軍機處，這樣一來可以利用裕祿掌握國家政治局勢的內部情況，裕祿上任後就聯合剛毅開始極力反對維新。裕祿在1900年被任命為直隸總督，他協助剛毅剿滅入侵的洋人。當時的軍機處的頑固分子有三個人：剛毅、王文韶、裕祿，這股勢力極大地阻擾了新政的推行。不過，這股頑固勢力想違抗皇帝的旨意，必須還要爭取西太後的協助，和榮祿結盟。
就在此時，一名侍禦史在奏折中寫錯了一個字，結果被皇帝責備了一頓（皇帝開始非常重視此類事件，為此很多新官員都很小心）。皇帝在幾天之後又下達一道諭旨，廢除殿試中大卷、白折（指舊時科舉中用的書體，其體式與館閣體相同）的體製，即以後殿試、朝考中不再考書法寫字一科，這非常明顯出自康有為的建議。六月初八，皇帝諭旨再次下達，傳令全國統一設立官報局，康有為被任命為上海總局的總辦。此類官報都由地方政府設立，其用意是讓國民及時了解國內國外政治形勢，開啟老百姓的智慧。所有開辦的經費和日常支出均由政府撥款。每出版一期，都需要向上交付皇帝審閱，軍國大事都能夠自由評判，不用顧忌。康有為在朝廷的命令下開始草擬官報開辦的章程。六月二十三日，皇帝再次下達一道諭旨，命令“所有官吏必須實心辦理新政，不能像之前那樣墨守成規，敷衍塞責”，諭旨還強調：“總的來說，中國當前麵臨的問題在萎靡不振，頭腦麻痹，積習太深，因此所有官員都需要努力振奮精神。陳寶箴擔任湖南巡撫以後，一心整頓，結果有很多官員對其亂加指責，肆意刁難。如此，即便是士紳也會隨聲附和，此乃不顧大局的做法，蓄意阻擾新政的推行，必須嚴懲，絕不寬恕。”諭旨上還說：“當前正是危急之時，必須將之前的錯誤當作教訓，今後做事要謹慎，不要再犯類似錯誤，如此才可以踏踏實實落實窮則變、變則通、通則久的真正意義。開辦的所有事情，都是必須辦理。朕反複清楚地重申此旨意，爾等做臣民的所有人也應該好好反省一下，努力去掉自身被蒙蔽、被遮掩的一些問題，上下同心，一心為國。如此一來，國家的安定，國力的增強，就有了希望。”