光緒皇帝以國事為重，一心想變法，迫切希望將國家治理好。但戊戌政變之後，皇帝隻剩下了一個空名聲，所有的維新條款都被取消了，改革變法徹底失敗了。當初，西太後感覺皇帝已經長大成人，就停止了自己的垂簾聽政，讓皇帝親政。令她沒想到的是，皇帝竟然啟用新上任的官員，開始快速變法維新，有將國家搞亂的可能。大臣們請求西太後再次垂簾聽政，也實屬天意。西太後此刻隻得重振雄心，於是，同治皇帝去世時發動辛酉政變的情景再次出現在世人麵前。結果天意該如此，軍政大權再次落入西太後手裏。至於西太後采取什麽樣的手段來促成這樣的結果，那就沒有追究的必要了。當初，同治皇帝年紀輕輕地就去世了，多半是由於西太後專政的原因。因此，此次西太後再一次垂簾聽政，那還有什麽值得新奇的呢？
皇帝已經喪失了所有的權力，心中隻剩下滿腔的憂患。西太後如今依然步步緊逼，每天叫嚷要廢黜皇帝，其實是真心想在宗親內部尋找一個年幼平庸的孩子來坐皇位。不過，如此一來，南方督撫很多人對此表示強烈抗議，歐洲的一些國家也準備幹涉，西太後隻得謹慎行事。當時，國內外都在盛傳皇帝難以自保，再也沒有權力處理國家大事了。皇帝在宮中跟幽禁差不了多少，不過還需要每天去上朝，召見大臣，跟木偶差不多。八月初八，朝廷大臣聚集在一起，皇帝向西太後跪行三拜九叩的大禮，懇求西太後管理國事。下午，榮祿帶領一支人馬護送皇帝到月壇祭拜，自此，皇帝就變成了地位很高的祭司。那時候，皇帝在眨眼間被剝奪了所有的尊貴和威望，還要被幽禁在寂寞冷清的西苑瀛台，他的心情應該如何？
斥責完皇帝後，西太後就開始處理國政。盡管已經退出朝政很多年了，可重新掌控朝廷之後，西太後精力依然不減當年，還想努力重振朝綱，以此平息國內外的議論。西太後首先罷免了對光緒皇帝忠誠的大臣，然後提拔忠於自己的人。她下達諭旨，警告宗室王公大臣：“如果有人對太後不忠，就消除他的爵位”，正如之前處理載垣一樣。西太後坐鎮不亂的能力超群，在平息爭鬥方麵也有過人的本領，戊戌政變就是最明顯的例證。沒多長時間，西太後宣布將貝勒載澍終身監禁（到宣統皇帝繼位時，載澍才被攝政王重新啟用，並且，同日還罷免了袁世凱的職位），原因是載澍曾經協助光緒皇帝維新變法。載澍的夫人本來是桂祥之女、西太後的侄女，維新變法開始時，載澍就向皇帝提議斷絕西太後幹涉朝政的路子。結果，他的夫人向西太後告密，載澍就受到了處理。