義和團拳民的頭領，有的被殺，有的被充軍發配到了遠方，西方列強為此也消了怒火。西太後默默審時度勢，感覺今後在政策方麵不能再固守傳統，應該實施必要的改革。為此，西太後下達諭旨：
諭：本年夏間，拳匪釁起，憑恃誠社，挾製朝廷。當時所頒諭旨，首禍諸人竟於事機紛擾之際，乘間矯擅，非出朝廷本意。所有不得已之苦衷，微言宣示，中外臣民，諒能默喻。現已將首禍諸人分別嚴懲，著內閣將五月二十四日以後，七月二十日以前諭旨匯呈，聽候查明，將矯擅妄傳各諭旨，提出銷除，以重綸者而昭信史。
這道諭旨是在光緒二十六年（1900）12月26日下達的，在同一天還有一道諭旨，是以皇帝的名義下達的，敘述了庚子年朝廷的情況，還有西太後和皇帝蒙塵的艱難，承認了自己的錯誤，並表明今後要痛改前非。這道諭旨非常重要，其內容是：
本年夏間，拳匪構亂，開釁友邦。朕奉慈駕西巡，京師雲擾，迭命慶親王奕劻、大學士李鴻章作為全權大臣便宜行事，與各國使臣止兵議款。昨據奕劻等電呈各國和議十二條，大綱業已照允，仍電飭該全權大臣，將詳細節目悉心酌核。量中華之物力，結與國之歡心。既有悔禍之機，宜頒自責之詔，朝廷一切委曲難言之苦衷，不能不為爾天下臣民明諭之。
此次拳教之禍，不知者鹹疑國家縱庇匪徒，激成大變,殊不知五六月間,屢詔剿拳保教,而亂民悍族,迫人於無可如,保既苦禁諭之俱窮,複憤存亡之莫保。迨至七月二十一日之變,朕與皇太後誓欲同殉社稷,上謝九廟之靈。乃當哀痛昏瞀之際，經王大臣等數人勉強扶掖而出，於槍林炮雨中倉皇西狩，是慈躬驚險,宗社貼危，闤闠成墟，衣冠填壑，莫非拳匪所致，朝廷其尚護庇耶?夫拳匪之亂，與信拳匪者之召亂，均非無因而起。各國在中國傳教，由來已久，民教爭訟，地方官時有所偏，畏事者袒教虐民，沽名者庇民傷教，官無持平辦法，民教之怨，愈結愈深，拳匪乘機浸成大釁。良由平日辦理不善，以致一朝驟發，不可遏抑，是則地方官之咎也。淶涿拳匪，既焚堂毀路，急派直隸練軍彈壓，乃練軍所至，漫無紀律，戕虐良民。而拳匪專恃仇教之說，不擾鄉裏，以致百姓皆畏兵而愛匪。匪勢由此大熾，匪黨亦愈聚愈多，此則將領之咎也。該匪嫵言邪說，煽誘愚人，王公大臣中或少年任性，或迂謬無知，平時嫉外洋之強，而不知自量，惑於妖妄，詫為神奇。於是各邸習拳矣，各街市習拳矣。或資拳以糧，或贈拳以械，三數人倡之於上，千萬人和之於下。朕與皇太後方力持嚴拿首要，解散脅人之議，特命剛毅前往諭禁，乃竟不能解散。而數萬亂民，膽敢紅巾露刃，充斥都城，焚掠教堂，圍攻使館。我皇太後垂簾訓政將及四十年，朕躬仰承慈誨，夙昔睦鄰保教，何等懷柔?而況天下斷無殺人放火之義民，國家豈有倚匪敗盟之政體?當此之時，首禍諸人叫囂隳突，匪黨紛擾，患在肘腑，朕奉慈聖既有法不及眾之憂，浸成尾大不掉之勢。興言及此，流涕何追!此則首禍王大臣之罪也。然當使館被圍之際，屢次諭令總理衙門大臣前往禁止攻擊，並至各使館會晤慰問，乃因槍炮互施，竟至無人敢往，紛紜擾攘，莫可究詰。設使火轟水灌，豈能一律保全?所以不致竟成巨禍者，實由朝廷極力維持，是以酒果冰瓜，聯翩致送，無非朕仰體慈懷，惟我與國應識此衷。今茲議約，不侵我主權，不割我土地，念列邦之見諒，疾愚暴之無知，事後追思，慚憤交集。惟各國既定和局，自不致強人以所難，著奕劻、李鴻章於細訂約章時，婉間力辯，持以理而感以情。各大國信義為重，當視我力之所能及，以期其議之必可行，此該全權大臣所當竭忠盡智者也。