1937年7月7日，日本發動“盧溝橋事變”，國民黨第29路軍奮起抵抗，抗日戰爭全麵爆發。8月13日，日軍在上海登陸。8月的一天，中研院突然接到通知：“現在情勢緊急,雞鳴寺全部被南京防空司令部征用。限各所三日內全部遷移,過時則不準出入。”
中國近代史上史無前例的“學術大遷徙”開始了！
地質研究所在李四光帶領下，花了三天三夜工夫，把儀器、書籍和標本，裝箱運往廬山。在山上的蘆林和山麓姑塘鎮，李四光分設了辦事處，地質研究工作在艱難的條件下繼續進行。
12月13日，南京淪陷，蔣介石曾揚言要死守首都，結果不到6天就逃之夭夭。國民政府決定遷都重慶，但政府機關大部和軍事統帥部先行轉移到武漢，武漢成為當時實際上的全國軍事、政治、經濟中心。
1938年10月，廣州、武漢相繼失守，國民黨政府在武漢也待不住了，整體開始遷至重慶，中研院奉命隨政府內遷。代院長朱家驊要各所立刻遷往重慶，不去重慶就停發經費，搬遷事宜也概不負責。
戰雲密布，時代動亂，地質研究所往哪兒遷呢？李四光周密盤算著。
事實上，自“九·一八”事變後，日本帝國主義企圖吞並中華的狼子野心已暴露無遺，北京知識界在國難臨頭熱議為國家盡力做事的聚會中，李四光曾熱心參加以胡適和丁文江為核心的議政活動。
胡適在《丁文江傳》中說：“有幾個朋友，如李四光先生，如陶孟和先生，如唐鉞先生，原來也常來參加討論。”可見，李四光與丁文江之間，此時已不局限於地質學方麵的聯係了。
李四光意識到戰爭不可避免，還預料到戰爭爆發後，要長期保住沿海及濱江重鎮恐難辦到，長期抗戰的根據地應在內地，應該早到內地去做準備工作。於是，李四光同時任廣西大學校長的馬君武商量，擬在廣西大學內設立一個科學實驗館，招納技術人才，從事種種戰時必需的物資器材的研究。這個建議立即得到了國民黨桂係首腦李宗仁的讚許，李四光很高興，躍躍欲試，恨不得早日到桂林來大展鴻圖。但議論未定，盧溝橋事變就爆發了。