周鴻禕在參加湖南衛視的一檔娛樂節目時，看到馬化騰的照片，鞠了一躬，微笑著說了句：你好，馬總。可是當看到李彥宏的時候，他承認：當然，這個人是比較恨我。在眾多的競爭對手中，他唯一承認真正跟他有仇怨的，就是百度。
於是，他在2013年10月份還發微博稱，方舟子是被百度重金收買和利用的。這言論當然又會給他自己製造麻煩了。於是，方舟子起訴了他，理由是他侵犯了自己的名譽權。一紙訴狀告到法院，索賠金額為20萬元。
直到2014年1月末，北京市朝陽區法院才對該案作出裁決，判周鴻禕賠償方舟子公證費1000元並支付案件受理費用1406元。方舟子沒占到什麽大便宜。
法院駁回了方舟子的其他訴訟請求，但是周鴻禕被判當庭向方舟子道歉。
真像當初朋友們告誡的一樣，方舟子這個人一旦纏上誰，很難擺脫。
其實，在2010年，周鴻禕曾在微博中稱讚過網絡名人方舟子。那還是方舟子被所謂的“大鐵錘”和“迷藥”偷襲的時候，周鴻禕曾經有感而發，也許是從這件事情上看到了自己用360打假的影子。他直言道：“中國文化中缺少容納偏執的基因，因為偏執的人不懂人情世故，一根筋，不知好歹。但是，如果一個像方舟子一樣的人，即使偏執，即使一根筋，即使不受別人喜歡，如果他是在推動社會進步，如果他是在弘揚正氣，那就應該給他鼓掌，讓他接著幹。反正我是堅決地支持他。”
可是現在，這個當初被周鴻禕堅決支持的“打假鬥士”，怎麽反過來打360的假了呢？
老周這時候才明白，當初自己全力褒揚並支持的那個“打假鬥士”方舟子，可能本身就是一個應該“被打假”的對象。因為360就是做安全的，而360瀏覽器的推出上市，也是打著給大家一個安全的上網環境的旗號。因為360成立打假基金，就是衝著百度去的。