保衛秦王的軍隊與嫪毐的叛軍在鹹陽激烈交戰，斬殺叛軍幾百名。後來，參加平叛的大臣和立了功的人都得到了封賞，連參加的宦官也不例外。嫪毐戰敗逃跑，秦王在全國下通緝令：活捉長信侯者，賞錢100萬；殺死長信侯者，賞錢50萬。結果嫪毐及其同黨全被捕獲，無一幸免。嫪毐被五馬分屍，他家族裏的人也全部被殺。追隨嫪毐叛亂的衛慰竭、內史肆、佐弋竭、中大夫令齊等20多人被判殺頭，斬下的頭顱還要掛在木杆上示眾。
嫪毐的門客，罪輕的就被罰服勞役3年。此外，因牽連此事被剝奪爵位的還有4000多家，他們全被流放到四川，在房陵居住。在審查此案的過程中，相國呂不韋的所作所為暴露出來。秦王十分生氣，便於秦王政十年（公元前237年）免除呂不韋的丞相職位。太後因為與嫪毐有關聯，也被嬴政流放到雍城，送進冷宮。
這年，齊國和趙國都派使臣前來，秦王設下酒宴款待他們。齊人茅焦對秦王說：“秦國正處於建立天下大業的時候，您卻把太後流放，恐怕對您的名聲影響不好吧!各國諸侯要是知道有這樣的事情，誰還會信服您呢?”秦王覺得有道理，就把太後從雍城接回鹹陽，讓她居住在甘泉宮中。
有人告訴秦王，秦國之所以會出現這樣的大亂，都是別國來的客卿（不是秦國人，但在秦國做官）搗亂的結果，要想避免這些事，幹脆把這些客卿都趕走。秦王采納了這個建議，命人在全國上下做徹底的清查，趕走那些在秦國任職的客卿。
楚國人李斯也在被逐之列，他認為秦國的這項政策不合理，便向秦王上書，陳說利弊。秦王讀罷李斯的上書，立即宣布廢除逐客令。李斯受到秦王的重用，便向秦王獻計說：“您應該立刻攻打韓國，來震懾其他諸侯國，讓他們都知道您的厲害!”秦王覺得很對，於是派李斯等人去攻打韓國。韓王非常擔心，找來韓非商量，籌劃削弱秦國的辦法。