對於剛剛垂簾聽政的慈禧來說，直接威脅她統治的是江淮流域的太平天國和黃河流域的撚軍，這些心腹大患一日不除，她的統治就一日不穩固。然而環視朝廷內外，那些滿族大員不是顢頇無能，就是妄自尊大。從太平天國起義到兩宮皇太後垂簾聽政的十餘年間，鹹豐帝任命了十省四十三位團練大臣，其中一直盡心盡力效忠朝廷、屢受挫折卻堅持圍剿太平天國的最大功臣，是以曾國藩為首的漢族官員。
同治初年，曾國藩在前線捷報頻傳，不久便從太平軍手中奪回安慶，之後的形勢對慈禧愈加有利。左宗棠率軍征戰江西、浙江，很快把太平軍趕出了浙江。三月，李鴻章率領淮軍和湘軍程學啟(1)、郭鬆林(2)所部趕赴上海圍剿太平軍。隨後，淮軍在上海虹橋、徐家匯等地經過苦戰，接連取勝，捕殺太平軍三千餘人。
慈禧大受鼓舞，繼續重用曾國藩等人。她下旨讓曾國藩節製江蘇、浙江、江西、安徽四省軍務，把江南的軍事指揮大權完全交給他；緊接著又授曾國藩為協辦大學士。聖眷之隆，可見一斑。
為了戰區綠營及各地方武裝更好地配合協同作戰，慈禧聽從曾國藩等人的建議，任命了一批漢人官員為封疆大吏。其中，左宗棠為浙江巡撫，鄭元善(3)為河南巡撫，張曜(4)為河南布政使，李續宜(5)為安徽巡撫，嚴樹森為湖北巡撫，沈葆楨(6)為江西巡撫，李鴻章為江蘇巡撫，劉長佑(7)為廣西巡撫，毛鴻賓為湖南巡撫，江忠義為貴州巡撫，丁寶楨(8)升任山東按察使，等等。上諭發出後，朝中許多滿族王公大臣認為，兩宮太後將清朝軍政大權交到漢族官僚手中，使 “西至四川東至沿海”的半壁江山全掌控於曾國藩之手，實在是太冒險了。
在一大片因循守舊的聲音中，慈禧還征調廣西臬司蔣益澧率部到浙江助剿。另外，廬州一帶，歸多隆阿(9)剿辦；寧國一帶，歸鮑超剿辦；潁州一帶，歸李續宜戡定。各路大軍，皆歸大帥曾國藩節製。另外，還有淮上的漕運總督袁甲三、揚州的都興阿、鎮江的馮子材(10)，雖未經曾國藩調遣，但也由他統籌。