光緒十一年 （1885）九月，清廷頒旨設置管理全國海軍的機構——海軍衙門，或稱海署，任命醇親王奕[img alt="patch" height="12" src="images/091525866340.png" width="13" /]署理節製沿海水師，慶郡王奕劻、大學士總督李鴻章、都統善慶、侍郎曾紀澤從旁佐助。
自洋務運動開始，新式海軍建設就被當作重中之重，朝廷每年撥出數百萬兩白銀用於海軍建設，清朝已建成了南洋、廣東、北洋三支海軍艦隊。按理說，海軍衙門這樣重要的機構，要有深諳海軍的專業人才，但五個管事的人中，竟無一人是專業出身。李鴻章和善慶都出自陸軍行伍，而且隻是幫辦，海軍衙門實際上由奕劻說了算。
光緒十二年 （1886），奕劻奏請慈禧 “修治清漪園工備操海軍”，並提出創辦昆明湖水操學堂。水上操練要請太後和皇帝閱兵，設施豈能簡陋？於是，奕劻又奏： “因見沿湖 （昆明湖）一帶殿宇亭台半就頹圮，若不稍加修葺，誠恐恭備閱操時難昭敬謹……擬將萬壽山暨廣潤靈雨祠舊有殿宇台榭並沿湖各橋座、牌樓酌加保護修補，以供臨幸。”想要得到慈禧的同意，就必須投其所好，其實備操海軍與修治清漪園有何關係？雖然清漪園西南有昆明湖，但在這個城中湖裏能操練出新式海軍嗎？顯然，操練海軍和興辦水操學堂隻是一個冠冕堂皇的借口，慈禧修園子的意圖已昭然若揭，“上欲行之，下必趨之”，各有盤算的機構及個人都在極力促成此事，以討得老佛爺的歡心。這也是慈禧在 “勘修三湖”計劃受挫後的另一個措施，因為強化海軍建設是朝廷多數大臣讚同的最緊要大事，隻有打著這個旗號修繕園子，反對的人才不敢吭聲。
慈禧埋下這一伏筆後，還是不放心，因為朝廷的預撥經費每年僅四百萬兩白銀，而三大艦隊都在競相修造和購買軍艦，不包括軍餉和其他開支，僅添置裝備一項，清廷都難以支撐。因此，她還必須采取一些後備措施——設想以歸政作為交換條件來讓光緒親自頒詔籌款修園子。