就在慈禧處心積慮地廢帝立儲，借義和團的勢力震懾外國勢力時，外麵戰事已起，清廷內外處處不平靜，紛爭不斷。
慈禧第三次訓政後，用強硬手段挫敗了帝黨新政，但是她依然認為自己的執政地位麵臨威脅。為了徹底隔絕光緒帝與外界的聯係，在政變後的幾天裏，她把過去侍奉光緒帝的太監全部發落，或處死，或充軍，無一幸免。後妃之中，她更是對珍妃痛下狠手，施以杖責，並撤去簪環，軟禁於鍾粹宮後的景祺閣冷宮中。
光緒帝被囚禁在瀛台不僅不能理政，連平時的生活起居也受到限製，比如吃的飯菜要等涼了才能吃，即便寒冬臘月也是如此，光緒帝在此期間，受盡折磨。據說光緒二十四年 （1898）冬季，南海水麵已經結冰，一天，光緒帝微服出行，誰知剛走出不遠便被守門人發現，侍衛跪下請他返回。事後，慈禧命人把水麵的冰鑿開，並加派侍衛，以防光緒帝逃走。
光緒帝已然喪失了希望。慈禧雖然看到了國內輿論的反抗，也感受到列強的強硬態度，不能不有所顧忌，但她依然堅持認為自己作為清朝的主宰者，廢立皇帝純屬 “家事”，所以隻是對廢帝計劃進行調整，暫緩廢帝。
在正式宣布傳位給新帝之前，光緒帝仍不得不扮演好 “傀儡天子”的角色，每到重要節日都被 “請”出來主持祭祀大典。按清朝禮製，元旦、冬至祭天、夏至祭地、祭祖等，都要舉辦典禮活動。其中，每年的祭天典禮皇帝必須親臨。光緒二十四年 （1898）冬至日，光緒帝主持了他被幽禁後的第一個大祀典禮。頭天下午，榮祿率隊護送光緒帝出西苑，前往天壇。次日日出前，齋宮鳴太和鍾，皇帝起駕至圜丘壇。圜丘壇東南燔牛犢，西南懸天燈，煙雲縹緲，燭影搖紅。光緒帝神色黯然，完成這個莊嚴隆重的儀式後，他又將被關回那個孤寂幽冷、象征恥辱的瀛台涵元殿。此後，光緒帝的作用也僅限於出席此類典禮活動，充當大清 “門麵”。