慈禧的靈柩被一步步抬到清東陵，一百二十多公裏的路程走了整整五天五夜，於宣統元年 （1909）十月葬入菩陀峪定東陵地宮。陵寢位於河北遵化馬蘭峪，與慈安太後的陵墓並排立於鹹豐帝定陵東側，慈禧埋葬在東邊，而慈安埋葬在西邊，兩陵之間僅隔一道馬槽溝，一帝兩後合稱普祥峪定東陵。令人不解的是，慈安為東太後，卻葬在西邊；而慈禧為西太後，卻葬在東邊。
紫禁城後宮妃嬪所居宮殿有規矩可循。在明朝和清康熙帝之前，皇後一般住在位於城內中軸線上的坤寧宮；待到嗣皇帝立了皇後，先帝的皇後如果健在，就成了皇太後，一般移居位於中軸線之西的慈寧宮。但到雍正朝，因雍正帝偏愛在別宮圓明園 “正大光明殿”辦公，在圓明園九州清晏殿待的時間遠比在紫禁城乾清宮的時間長。他登基後冊封嫡福晉為皇後，但她沒有住進坤寧宮，而是住到養心殿旁的體順堂。從她開始，清朝再也沒有哪位皇後常住坤寧宮了。也就是從雍正朝開始，後宮妃嬪的住所規則被打破。皇後和其他高品級的妃嬪一樣，大多居住在東六宮，但從未有皇後居西六宮，也就是說後宮中“東”為大。
鹹豐帝在世時，慈安是皇後，慈禧是懿貴妃，當時並沒有東、西太後之稱。皇後常住東六宮的鍾粹宮，懿貴妃居西六宮的儲秀宮和長春宮。即使在熱河別宮，她們也是一個居東跨院，一個居西跨院。同治帝即位後，尊鹹豐的皇後為母後皇太後，上徽號 “慈安”；尊懿貴妃為聖母皇太後，上徽號 “慈禧”，她們的居所不變。為了稱呼方便，宮內外都按她們的居所方位，稱慈安為東太後、慈禧為西太後，而東宮慈安太後的地位始終在西宮慈禧太後之上。依據這種宮中地位的差別，靠近鹹豐帝定陵的普祥峪自然歸屬慈安，而慈禧隻能葬在距定陵稍遠的菩陀峪。因此，地宮中兩位皇太後棺木的放置實際是以距鹹豐帝定陵的遠近來定的。