戰場上的節節失利讓建文帝寢食難安，他不得不考慮回到談判桌前。
這一年的十一月二十六日，朱允炆作出了妥協，罷免了兵部尚書齊泰和太常寺卿黃子澄，希望以此消除燕王起兵的借口：你不是要“清君側”嗎？那我自己清理了，你也可以罷兵了吧？
然而，皇帝的妥協隻換來了朱棣的一聲冷笑。
這種小兒科的舉動顯然忽悠不了老謀深算的燕王。不要說朱棣根本不相信齊、黃二人是被真的罷免，就算他相信，這戰還是要接著打，因為他的目標隻有一個——當皇帝。雖然“清君側”的借口沒有了，但是做大事業的人不會在乎這個。先把事情辦了，借口自然會有。
皇帝此舉除了讓燕王冷笑，也令朝野心寒。人們不禁要問：如果辛辛苦苦幫你保住龍椅，到頭來卻落了個罷官的下場，那跟著你朱允炆混還有什麽意思？！
日後，當燕王兵臨城下時，滿朝文武之所以紛紛倒戈易幟，不能說不與皇帝這種幼稚而拙劣的政治表現有關。
建文二年（公元1400年）正月初一，當舉國上下都在歡度新春佳節的時候，朱棣正率領他的軍隊，晝夜奔馳在攻打蔚州（今河北蔚縣）的路上。蔚州守將王忠等人堅守數日後，放棄抵抗，率部投降。
這一年春天，南北雙方都進入了戰略休整，各自補充兵員、調集糧餉，積極準備迎接春季過後的大戰。李景隆調集了全國各地的精兵，與原部共計六十萬人，號稱百萬，於四月初一在德州誓師，開始二次北伐。數日後，李景隆的大軍在河北饒陽縣的白溝河一帶陸續集結，擺出了決戰的姿態。四月初五，朱棣率領燕軍從北平南下。初八，雙方的先頭部隊進行了一場小規模的遭遇戰，互有傷亡。四月初九黎明時分，燕軍主力全部渡過白溝河，到達南岸。南軍立即發動進攻。