第四次十字軍東征運動所造成的後果之一，便是使威尼斯在克裏特島以及位於伯羅奔尼撒半島南部的雙子港口城市——科倫與莫頓獲得了主權地位。與此同時，威尼斯還鼓勵幾個貴族家庭成員獲取了愛琴海上的許多島嶼的控製權。這一政策的主要受益人是薩奴迪家族（Sanudi），該家族從13世紀早期開始，便以“納克索斯公爵”或“半島公爵”的身份，統治著基克拉澤斯群島與斯波拉澤斯群島。1383年，這些島嶼換由克裏斯皮家族（Crispi）掌控。愛琴海上的其他一些島嶼多由威尼斯人獨占，並視自己為納克索斯公爵的附庸。理論上，薩奴迪家族當屬亞加亞大公的封臣，在任何意義上都不依賴於威尼斯；但從實際角度來看，為確保這些島嶼由自己人把持，從而與君士坦丁堡維持良好的溝通，威尼斯人對薩奴迪家族的態度始終非常謹慎。雖然薩奴迪家族成員一直采取相對積極的統治政策，但也不能保證其所領島嶼免受海盜侵襲，尤其一些小型島嶼常常會受到土耳其奴隸販子的騷擾，導致人口銳減。島嶼的統治者們往往需要誘使其他地方的定居者來到此地，以彌補本土的損失。這些島嶼因變成海盜的避風港而臭名遠揚，其政治與軍事局勢也不夠穩定，進而使當地領主間長久的宿怨進一步惡化。到了15世紀20年代，納克索斯公爵依然要向奧斯曼帝國納貢，即便他們掌控公國的曆史已經很長了。在愛琴海地區，最後一位公爵直至1566年才被廢黜，而一些更小島嶼的殘存的基督教領主一直堅持到1617年。這一年，幾個小型島嶼最終落入土耳其人的統治之下，其中最具重要性的當數錫夫諾斯島（Siphinos）。威尼斯則統治特納斯島（Tenos）與基西拉島（Kythera）直至18世紀。
在13世紀早期，威尼斯人利用之前拜占庭帝國的領土所具備的優勢，在通往君士坦丁堡與黑海的航道沿途設立了中轉站，不論前往愛琴海地區還是黎凡特，位於希臘西南角、被譽為“共和國雙眼”的科倫與莫頓，均是極為實用的停靠港口。距離君士坦丁堡更近的內格羅蓬特島（或稱優卑亞島），已經在第四次十字軍東征期間成了威尼斯領土的一部分，它們由三個倫巴第家族掌控，這些人手中的土地屬於威尼斯人的封地。一位威尼斯“巴伊洛”（bailo）負責治理內格羅蓬特這個重要港口城市，而威尼斯是逐步開展對該島其餘地區的直接管控的，這一過程大致到14世紀80年代才完成。在1470年內格羅蓬特落入土耳其人手中之前，它始終是克裏特島與君士坦丁堡兩地之間最重要的威尼斯領地。其他由威尼斯人掌控的通往君士坦丁堡的一係列港口城市，已經基本形成一個鏈條，而在這個鏈條上有兩處斷裂。一處位於亞得裏亞海南端，自1204年起，威尼斯人便開始垂涎科孚島，然而他們的願望在當時並沒有實現，至1386年，威尼斯人最終獲得該島，並在1797年共和國覆滅前，始終擁有該島的控製權。鏈條上的另一個斷裂之處，就位於通往君士坦丁堡的路途之上，威尼斯人想要得到的是特內多斯島（Tenedos），該島恰好位於與達達尼爾海峽入海口相對的位置。而作為威尼斯人的對手，熱那亞人也有自己的打算，雙方各懷野心，導致戰爭爆發。這場紛爭從1376年開始，一直持續到1381年，雖然熱那亞人曾出人意料地封鎖過威尼斯，但誰贏誰輸終無定論，特內多斯島上的希臘居民被驅逐出境，該島從而成了無人之島。