左宗棠在同治三年十月底，交卸了兼署浙江巡撫的職司，在杭州全城文武官員的鳴炮恭送之下，啟程入閩督師。
在此以前，援閩之師分三路出發。西路以幫辦福建軍務的浙江按察使劉典所部新軍八千人為主力，會同記名按察使王德榜的兩千五百人，由江西建昌入汀州；中路記名提督黃少春、副將劉明燈兩部共四千六百人，由浙江衢州，經福建浦城、建寧入延平；東路由署理浙江提督高連升會同候補知府魏光邴，領兵四千五百人，過錢塘江由寧波乘輪船，循海道至福州登陸。
這三路軍隊的目標都是閩南。李世賢踞廈門之西的漳州，丁太洋在福建、廣東、江西三省交界的武平，而汪海洋則在閩南的東西之間流竄。左宗棠的打算是，決不能讓他們出海，由北、西、東三麵收緊，壓迫敵人南竄。
福建之南就是廣東。兩廣總督毛鴻賓與廣東巡撫郭嵩燾見此光景，心知不妙。左宗棠如果驅賊入粵，則援閩之師，隨賊而至，會形成長毛與“友軍”交困的窘境，所以兩人非常著急。
可是由兩員副將方耀、卓興所率領的粵軍，不過八千之眾。福建延建邵道康國器，雖是廣東人，新統一軍亦多粵籍，卻不能算粵軍，因為是左宗棠的部下，並不聽命於廣東大吏。毛鴻賓與郭嵩燾迫不得已，一麵派方耀、卓興入閩會剿，明阻長毛，暗擋左宗棠，一麵打算奏請起用守鎮江的名將馮子材督辦東江軍務，自求振作。
在援閩之師未到以前，福建陸路提督林文察已與李世賢接過仗。林文察是台灣彰化人，鹹豐八年以助餉剿淡水的土匪，授職遊擊，做了武官。他所統率的台勇擅用火器，剽悍善戰，助林文察當到總兵，獲得“巴圖魯”的名號。王有齡被困杭州時，曾奉命援浙，而阻於衢州。以後歸左宗棠節製，他很立了些戰功，補實為福建福寧鎮總兵，不久擢升為福建陸路提督，隨即提兵回台，在他家鄉平亂。