四月二十九日，福王朱由崧在史可法陪同下，乘舟抵達南京城外燕子磯，南京官紳均往朝見。五月初一日，朱由崧登岸，先拜謁孝陵然後從朝陽門進城，駐於內守備府。談遷記載了他目睹朱由崧進入南京的情況：“初，遷聞王謁陵，出朝陽門外，萬眾伏候。見王乘輦，角巾半汙舊，手搖白竹扇，有隴畝風。竊心幸之。不料**佚敗度，為懷湣之續也。”[27]文武百官朝見後商議立福王為主究竟應當立即登極為帝還是暫用監國名義，這裏的區別是登極後就沒有改變的餘地，監國則尚有退步。有的大臣考慮到崇禎三子下落不明，而他們之中任何一人都是較各藩王更符合繼承帝位的人選，因此主張再等待一段時間。初三日，朱由崧在南京就任監國，用黃金鑄造監國寶，頒諭天下說：
……孤避亂江淮，驚聞凶訃，既痛社稷之墟，益激父母之仇。矢不俱生，誌圖必報。然度德量力，徘徊未堪。乃茲臣庶，敬爾來迎，謂倡義不可無主，神器不可久虛，因序謬推，連章勸進，固辭未獲，勉循輿情，於崇禎十七年五月初三日暫受監國之號，朝見臣民於南都，孤夙夜競競，惟思迅掃妖氛，廓清大難。德涼任重，如墜穀淵，同仇是助，猶賴爾臣民。其與天下更始，可大赦天下。[28]
就任監國之後，朱由崧依照廷臣會推，任命原南京兵部尚書史可法為東閣大學士兼禮部尚書，入閣辦事；馬士英加東閣大學士、兵部尚書、右副都禦史銜，仍任鳳陽總督。不久又以原詹事府詹事薑曰廣為禮部左侍郎，與原禮部尚書王鐸，二人兼東閣大學士入閣辦事。以張慎言為吏部尚書，召劉宗周為都察院左都禦史，其他衙門官員也先後做了安排。按照史可法、高弘圖、張慎言等人的意向是盡量讓“正人”占據要津，使朝廷建立之始有一番新氣象。開初在安排朝廷重臣上，他們得以如願以償。然而，這種局麵很快就改變了。爭奪朝廷權力的較量先從首輔開始。按明代製度，南京兵部尚書位居留都百官之首，弘光朝廷初立，史可法就成為當然的首席大學士。在定策問題上史可法既被馬士英出賣，得不到朱由崧的信任，包括勳臣在內的一些小人立即隨風轉舵。薑曰廣記載，魏國公徐弘基等原先頂奉史可法不啻天人，“權寄稍移，下石隨起”，竟然倡言可法“勤王無功”“可殺”[29]。馬士英擁立福王本意就在攫取權力，他絕不會滿足於加幾個空銜而官居原職。於是，他先利用誠意幫劉孔昭爭入內閣，當遭到其他官員以“我朝從無勳臣入閣之例”為理由堅決反對時，劉孔昭立即回答說：“即我不可，馬瑤草（士英字）何不可？”朱由崧與馬士英早有默契，當即決定召士英入閣輔政。史可法明知自己指斥福王的把柄落在馬士英手裏，現在馬士英既以“定策”首功備受朱由崧青睞，被召入閣輔政，江北不能沒有重臣督師，因此，他“自請督師淮揚”。五月十二日朱由崧批準史可法出任督師[30]。