甲午年（順治十一年、永曆八年）張名振統率的南明魯監國軍隊乘海舟三次進入長江，第一次進抵鎮江、瓜洲，第二次進至儀真，第三次直逼南京，在一年多時間裏積極活動於長江下遊和入海口。以戰績而言，即如張煌言後來所述：明軍“三入長江，登金山，掠瓜、儀，而徒單弱，卒鮮成功”[24]，清方這時還沒有建立一支像樣的水師，長江下遊駐防兵力又很少，隻好沿江戒嚴，重點保衛江南重鎮江寧（南京）。總督馬國柱在奏疏中自稱：“但能保全無恙，便為無罪。”[25]實際上雙方沒有大的戰鬥。如果僅僅從表麵現象來觀察，張名振等發動的三入長江戰役頗難令人理解。明軍旌旗炫耀，金鼓喧闐，幾百艘戰船浩浩****直入長江清方要害之區，既不攻城略地，又不同清方派出的援軍正麵交鋒。一年之內，三次進入內河，一次比一次深入，又三次主動撤退，而且始終不離開長江入海口，這裏麵大有隱情。清廷兵部在奏疏中說：“江南督撫各官每報賊船有數百號，每船有數百人，如是則足有數萬矣。若以數萬人之力，合而擊之，何堅不摧？崇明係彈丸之地，然數月不破者，乃賊之狡謀矣。賊意如破崇明，恐江東郡邑皆以崇明為誡，披甲登城矣。且賊既至京口，何不攻鎮江？既渡瓜、儀，何不進揚州？……今賊登上金山橫持斧鉞作賦，以假仁假義蠱惑人心。賊勢全可拔崇明，犯鎮江，劫揚州，然賊並不破城分封，與我死戰。……賊自海入江，皆張揚虛名。上起湖南，下至閩廣，賊必暗中串通。”[26]同年江南江西總督馬國柱在破獲了平一統（永曆朝廷授討虜前將軍職）、闞名世（永曆朝廷授威遠將軍職）等人潛伏內地的複明誌士後向清廷報告：“該臣□（看）得，海□（寇）跳梁，逼入內地，若非內有奸徒暗通□（線）索，何敢狂逞至此？”[27]可見，清朝當局也多少察覺到複明勢力有東西聯絡、同時並舉的戰略意圖。