上文已經指出，1651年（順治八年）清軍攻破舟山後，魯監國在張名振等統率的軍隊護航下借居於鄭成功控製之下的金門、廈門一帶。鄭成功有意把魯監國的兵將收編，遭到抵製後，雙方保持一種聯合大於摩擦的同盟關係。1653年，張名振等的統軍北上既是為了重展雄風，開拓抗清的新局麵，也是為了擺脫鄭成功的控製。然而，鄭成功卻依然以上司自居，把張名振率軍北上說成是自己所派。這在前引致李定國信裏和永曆朝廷給徐孚遠等的詔敕裏可以看得很清楚。鄭成功藩下的文人按照這一口徑記述長江之役毫不奇怪。如阮旻錫說：永曆七年（順治十年，1653）“賜姓駐廈門，遣前軍定西侯張名振等率水師恢複浙直州縣，並遣忠靖伯陳輝等一齊進入長江”[56]。楊英《先王實錄》所記大抵相同。後來的史家受其影響，都采取了這種說法。溫睿臨《南疆逸史》卷五十四《鄭成功傳》雲：“張名振、陳輝之入長江也，焚糧艘，奪戰艦，舟至金山，望祭孝陵，金陵聞之震動。”徐鼒《小腆紀年附考》卷十八記：“是年（順治十年）春，名振請兵北上，與之兵二萬，糧三艘。”這類記載人們已經習以為常，但顯然嚴重有悖史實。第一，張名振等魯監國的軍隊基本上是保持獨立係統的，並沒有變成鄭成功的部屬，北上長江時肯定同鄭成功商量過，但不能說是鄭成功所派遣；第二，張名振北上時帶領的是自己的舊部（即原魯監國軍隊），說成是鄭成功撥給士卒二萬，毫不足信；第三，把三入長江的張名振與鄭係將領陳輝並提，顯然是誤以為陳輝不僅進入了長江，而且參加了戰役的全過程，實際情況完全不是這麽回事。
下麵依據史實，對張名振等三入長江之役與鄭成功的關係做必要的剖析。
首先要說明舟山失守後魯監國的主力損失並不太大，張名振等統率南下金廈的兵員、船隻還相當可觀。順治十一年五月清江寧巡撫周國佐揭帖中說：“夫洋逆張名振以十餘年之積寇，舡近千艘，眾約二萬餘人，且日事舟楫，久狎波濤。”[57]同年十二月二十二日新任江寧巡撫張中元題本中說，“海寇張名振來犯崇明，聯千餘號”，而鄭成功則“棲居閩省，串通海賊，資助錢糧戈兵，以牽製江南、浙江之兵，使江浙之兵難至閩省會剿”[58]。順治十二年浙閩總督佟代殘題本中也說：“浙有張名振，閩有鄭成功，惡比窮奇，勢成犄角。”[59]他們依據自己的情報，把張、鄭並提，並沒有混為一談。特別是順治十年到十一年清方正同鄭成功“和談”，對鄭成功軍隊的動向非常注意。鄭成功為了避免給清方抓住破壞“和談”的口實，在張名振領軍北上時也確實沒有派遣自己的軍隊去進攻福建以北的清統治區。何況，張名振麾下的將領和軍隊在史料中有不少詳細記載，限於篇幅不能細說。某些史著把張名振描寫成“光杆司令”，部下的兩萬餘眾得自鄭成功撥給，未免疏於查考。