孫可望自從把永曆帝遷到安龍以後，朝廷大權已經完全被他掌握。所謂永曆朝廷不過是個虛有其名的空架子，僅靠一小批扈從文武官員勉強支撐門麵。軍國大事都由孫可望在貴陽裁決，然後在形式上通知永曆帝認可，日常事務則根本不關白朝廷。如史籍所記：“時可望假天子名號令中外，調兵催餉，皆不上聞。生殺與奪，任意恣肆。帝在安龍，一不與聞。”[1]南明管轄區內的相當一部分文官武將除了奉行永曆年號外，心目中隻有孫可望這位“國主”，皇帝被置之度外。1655年（永曆九年、順治十二年），明恢討左將軍白某（大概就是白文選）給孫可望的四件啟本被清軍繳獲，本中白某自稱臣，用了“啟國主禦前”“封進禦覽，以慰聖懷”之類的措辭[2]。1654年固原侯王尚禮在雲南雞足山金頂寺鑄造大銅香爐一座，爐上鐫刻的銘文雖然用了永曆八年的明朝正朔，卻一字不提當今皇上朱由榔，一味地吹捧孫可望：“固原侯弟子王尚禮，率男廣祿，原籍陝西西涼府固原衛群門所張城堡人氏。自丁亥歲躬隨國主臨滇，發心欽崇三寶，修嚴各山寺院。……仰賴佛光普照，上祈國主聖壽無疆，皇圖鞏固。……”[3]這類原始文件說明孫可望已經放任或指使親信部將擁戴自己登上皇帝的寶座了。他身邊的一批文職官員也巧加迎合，乘機勸進。如兵部尚書任僎借天命倡言“明運已終，事不可為矣”，主張由永曆帝禪位給孫可望[4]；編修方於宣則為可望“定天子鹵簿，定朝儀。言帝星明於井度，上書勸進”[5]。早在朱由榔被迎至安龍的時候，孫可望曾經一度準備去安龍陛見。任僎卻說：“國主欲進安龍，二龍豈便相見？”[6]於是，孫可望連這個起碼的禮節也沒有舉行[7]。
值得注意的是，連在安龍永曆帝身邊的權臣馬吉翔也為自身富貴著想，暗中依附孫可望。他對太監龐天壽說：“今日大勢，已歸秦王，我輩須早與結納，以為異日之地。”天壽頗以為然，兩人同孫可望派駐安龍的提塘官張應科等結拜兄弟，推心置腹地說：“秦王功德隆盛，天下欽仰。今日天命在秦，天之所命，人不能違。我輩意欲勸粵主禪位秦王，煩兩公為我先達此意。”[8]馬吉翔還派人叫永曆朝廷的郎中古其品畫一張“堯舜禪受圖”準備送給可望。古其品忠於永曆帝，拒絕作畫。馬吉翔懷恨在心，私自報告孫可望。可望竟命人把古其品鎖解貴陽，斃之杖下。1652年“六月，秦王有劄諭天壽、吉翔雲：凡朝廷內外機務，惟執事力為仔肩。若有不法臣工，一聽戎政、勇衛兩衙門參處，以息其紛囂”[9]。當時在安龍永曆朝廷中，馬吉翔以文安侯掌戎政事，太監龐天壽提督勇衛營。永曆君臣在孫可望派遣的提塘官、安龍知府和心懷異誌的馬吉翔、龐天壽的嚴密監視下，簡直沒有多少自由，完全變成了傀儡。孫可望的諭劄在安龍宣讀後，永曆朝臣大為震驚，不少人感到憤慨。吏科給事中徐極、兵部武選司員外郎林青陽、主事胡士瑞、職方司主事張鐫、工部營繕司員外郎蔡等上疏劾奏馬吉翔、龐天壽“包藏禍心，稱臣於秦”[10]。在朝廷自身的命運都操縱在孫可望手中的時候，忠於永曆的官員劾奏馬、龐二奸，不敢直指秦王，顯然隻是為朝廷稍存體麵而已。