1644年五月，大順軍西撤以後，山東、河北等地的大順地方政權被明朝官紳顛覆；清軍占領了北京附近地區，由於強製推行剃頭等政策，京師附近的居民惶懼不寧，許多地方揭竿而起反對清朝的統治。三河、昌平、良鄉、宛平、大興、霸州、東安、武清、漷縣、天津等地“盜賊”“千百成群”[78]，以至“輦轂近地，幾同化外”[79]，連京師所用的西山煤炭也因為道路阻隔無法運入城內。京師內外百姓流言四起，盛傳清軍將有屠民之舉。[80]多爾袞等清廷統治者一再辟謠，安定民心，同時派兵遣將進行掃**，“輦轂之下，盜賊竊發，及至捕獲，少長盡置於法”，連“老稚不能彎弓操刃者”也濫加屠戮。[81]在這種情況下，清廷需要一段穩定自己在京畿地區的統治和養兵蓄銳的時間。何況大順軍尚扼守山西，清廷有所顧忌，不敢輕易以主力南下。因此，畿南、山東和豫東地區在兩三個月裏處於近似權力真空的局麵。
弘光朝廷的按兵不動，給清廷以可乘之機。早在五月十二日，清都察院參政祖可法、張存仁就上言：“山東乃糧運之道，山西乃商賈之途，急宜招撫。若二省兵民歸我版圖，則財賦有出，國用不匱矣。”[82]同月二十五日，清廷派明降臣方大猷為監軍副使招撫山東。六月初四日，又派明降臣王鼇永以戶、工二部侍郎名義招撫山東、河南。[83]同月初十日，多爾袞派固山額真覺羅巴哈納、石廷柱統兵收取山東[84]，十四日派固山額真葉臣領兵收取山西[85]。覺羅巴哈納、石廷柱先聲奪人發出檄文說：“奉攝政王令旨，各調兵馬前往山東等處。所過地方官民出郭迎接，違者以抗師治罪。”同時又以平西王吳三桂名義大張文告，雲為安撫殘黎事稱“攝政王簡選虎賁數十萬南下，牌仰山東等處速速投降”[86]。二十一日，巴哈納等帶領的清軍進抵德州。朱帥和參與反叛大順政權的明朝官紳“仍欲拒命”，不願歸附清朝。[87]隻是由於“濟王”部下都是些烏合之眾，又得不到龜縮於江淮一帶南明閣部史可法等人的支援，德州知州張有芳唯恐貽禍地方，到處遊說，朱帥等被迫解散部眾，拜表歸順清廷。[88]畿南、山東大批州縣就這樣拱手讓給了清朝。