明後期的黨爭是統治集團內部矛盾激化的表現，它貫串於萬曆以後整個的生活中，一直延續到南明。崇禎在位的十七年間黨爭基本上限於在朝、在野的官紳當中；弘光以後軍閥勢力介入，朝中文臣往往以武將為靠山，使黨爭變得更加複雜尖銳。在一定意義上可以說，黨爭是導致明朝滅亡的一個重要原因。
南明第一個朝廷——南京政權從醞釀建立開始，就發生立福、立潞的爭議，所謂“立賢”“立親”不過是表麵文章，實質上是不同利益集團為爭奪新政權壟斷地位的一場爭鬥。弘光即位的時候，全國已處於四分五裂的狀態，清朝、大順以至張獻忠的大西政權都麵臨一個爭取人才為己所用的問題，弘光政權也不例外。在爭取人才方麵，史可法是比較清醒的，當五月初起草監國詔書時，原稿起用廢臣一款內有“除封疆（指任職期間所管地方失守）、逆案、計典、贓私不準起用”一語，他認為“國事之敗壞非常，人才之匯征宜廣，未可仍執往時之例”，把這句話刪去。一兩天後正式發布時，連史可法也不知道是怎麽回事，仍照原本發出。[59]後來史可法上言又引馬士英奏曰：“監國詔書，據閣臣史可法疏謂，逆案等事俱抹去，而呂大器添入之。是以戎臣而增減詔書也。”[60]總之，集中於南京附近江浙人文薈萃之地的一批官僚（他們大多是東林—複社人士）有一個如意盤算，一方麵趁北都陷沒，朝臣除極少數“死節”以外幾乎都投降了大順政權成為“從賊偽官”；一方麵又以不準起用“逆案”等舊例為理由阻擋另一批在野官紳入仕，這樣可以為自己控製從中央到地方的全部要津鋪平道路。由於曆史的原因，他們擔心福王朱由崧即位可能掀翻逆案，使自己在政治上失勢。朱由崧不得不憑借四鎮武將的支持登上帝位，由此形成武將無功封爵、跋扈自雄的局麵。四鎮的遙控朝政，使東林—複社黨人壟斷朝政的圖謀遭到重大挫折，這本來是他們自己種下的苦果。然而，一貫以清流自命的東林—複社骨幹從來不肯承認自己私心自用，而是集中火力攻擊投機取巧的馬士英和他援引的阮大铖，似乎事情全壞在馬阮亂政，掀翻逆案，正人君子聯袂而去，眾小人翩翩入朝，終於導致南京弘光政權的覆亡。這種觀點由黃宗羲創立的浙東史派發揚光大，流傳三百多年，至今尚未廓清。