揚州失守，史可法殉難的消息傳到南京，弘光朝廷頓時陷入一片驚慌失措之中，朱由崧等人開初還對長江天險寄予希望。五月初五日，清軍進抵長江北岸，初九日多鐸命梅勒章京李率泰帶領南明降將張天祿、楊承祖等部於黎明時分在瓜洲以西十五裏處乘船渡江，在金山擊敗明防江水師鄭鴻逵軍，隨即登上南岸，占領鎮江，後續滿、漢官兵先後渡江。[89]初十日，弘光帝僅同馬士英和少數宦官商議後，連朝廷其他公卿大臣也不告知，更不做任何部署，就在淩晨離城出逃。[90]
天亮以後，南京城內的官紳軍民聽說皇帝和首席大學士已經逃走，立即亂成一團。一些百姓擁入獄中，把自稱“崇禎太子”的少年請出來登武英殿即位，年號仍稱崇禎十八年。然而，以南京守備勳臣忻城伯趙之龍為首的勳戚大臣卻決定降清，派人前往清營接洽。據當時在城中的兵科右給事中吳適記載，十四日午後清軍先鋒數十騎直抵洪武門外，忻城伯趙之龍、保國公朱國弼齎降表由城牆上縋下往清營接洽投降事宜。十五日，多鐸率清軍主力進至南京城外，趙之龍、朱國弼同魏國公徐久爵，隆平侯張拱日，大學士王鐸、蔡奕琛，禮部尚書錢謙益，左都禦史李沾等三十餘名高官顯貴大開城門，出迎於郊。[91]清兵進城搜索警戒後，十七日多鐸才進入南京，隨即把南京城中東、北兩區漢族居民盡行驅出，供清軍居住。[92]
上文已經指出，按明朝永樂以後的兩京製度，在南京掌握實權的三個人是南京兵部尚書、守備南京勳臣、鎮守南京太監；其他勳臣和六部、都察院大臣不過虛有其名。魏國公雖然是開國第一功臣徐達的後代，隻是在各種典禮時排班居首，擺擺樣子罷了。決策降清的正是守備南京勳臣趙之龍，他在弘光出逃後，立即派兵驅散擁立偽太子的百姓，同時大張告示宣布向清軍獻城。張怡記載，崇禎末年“陪京缺守備勳臣，部推忻城伯趙之龍。陛辭日，上賜坐、賜茶，東宮、二王侍。上曰：‘留都根本重地，朕已簡用二人，一為司禮太監韓讚周，此人忠誠勤慎，足當守備之任；一為兵部尚書史可法，朕未識麵，然人爭言其材，朕亦詗得之。今得卿而三，朕無憂矣。然讚周掃除長耳，可法起家孤寒。若卿與國休戚，較二臣更異，知必盡心，副朕委任也。’其後可法、讚周皆竭忠死事，而賣盧龍一道者，即與國休戚者也，傷哉！”[93]明朝的勳臣主要是開國與靖難功臣的後裔，這些嬌生慣養的貴族子弟隻知托庇祖宗餘蔭，過著窮奢極侈的生活，一旦國難當頭，除個別稍有誌節者以外，大抵是身家之念重於國家，賣降恐後勢在必然。崇禎帝固然看錯了人，但即便另派一名勳臣守備南京也不大可能出現什麽奇跡。韓讚周在清軍進入南京後自殺，但他的情況同趙之龍不同。弘光既立，他的地位就被深受朱由崧寵信的司禮監秉筆太監盧九德取代。盧九德則投降了清朝，順治三年底他仍想按明朝舊例督理蘇杭織造為清廷統治者效犬馬之勞。不料碰了一鼻子灰，清廷諭旨說：“盧九德不當列名疏內，況秉筆太監本朝無此職銜，著削正嚴飭。”[94]