1645年（順治二年）六月，潞王降清，浙江省會杭州被清軍占領，不少州縣也遞上降表，歸順清朝。“閏六月初旬，頒開剃之令，人護其發，道路洶洶；又郡縣奉檄發民除道開衢為馳馬之地，人情益恇擾。”[10]在這種情形下，亡國之痛以強迫剃頭為引線迅速點燃了一場反清的熊熊烈火。閏六月初九日，明原任九江道僉事孫嘉績起義於餘姚，殺清朝委署知縣王玄如；初十日，生員鄭遵謙起兵於紹興；十二日，又發生了寧波的抗清運動。
浙東的反清起義，和福建的隆武政權有一個重大區別：浙東是在本地當權官紳已經投降清朝以後，一批有誌之士激於剃頭改製，揭竿而起，不顧殺身亡家的危險而展開的反清複明運動。它的骨幹成員大多數是些社會地位比較低的明朝生員和中下級官員。
浙東民風比較強悍，1643年在東陽爆發了許都領導的反對貪官的運動，很短時間就攻克了附近幾個縣，明政府束手無策，紹興府推官陳子龍憑借個人關係對許都進行招撫，保證他的生命安全，不料許都投降後卻被巡按禦史左光先處死。[11]鄭遵謙同許都是生死之交，東陽起事後，他也準備響應，被其父鄭之尹（曾任山西按察司僉事）關在房裏，才未能實現。1645年六月，潞王降清後，浙東郡縣也望風歸附，紹興府通判張愫降清被任為知府，彭萬裏任會稽知縣。鄭遵謙的父親鄭之尹也親赴杭州剃發降清。深懷報國之心的鄭遵謙卻大義凜然地決定起兵反清。他聯絡一批誌同道合的朋友和郡將，慷慨聲稱：“天下事尚可為，我欲舉義旅，何如？”得到大家的支持。於是在閏六月初十日樹立大旗，招兵誓師，有眾數千人。他下令把張愫、彭萬裏處斬，自稱義興元帥。為了解決義軍糧餉問題，鄭遵謙召集曾任明朝尚書的商周祚、薑逢元等縉紳開會，要求他們拿出錢來。有的縉紳訴說家境貧困，難以應命。鄭遵謙大罵道：“若受高官厚祿數十年，今國破君亡，尚欲擁厚資安享耶？”命人拖出斬首，闊老們嚇得膽戰心驚，隻好答應按額輸餉。正在這時，他的父親鄭之尹從杭州回來，見形勢陡變，大吃一驚，跪在遵謙麵前磕頭大哭道“汝幸貸老奴命，毋使覆宗”，妄想以父子之情勸說遵謙不要同清朝作對。鄭遵謙毫不動搖，絕裾而去。《南疆逸史》的作者溫睿臨在記述這件事時不勝感歎地寫道：“明之紳士，大約榮利祿，趨聲勢，私妻子是計耳。寧有君父之戚，家國之感乎哉！故闖至則降闖，獻至則降獻，一降不止則再，其目義士皆怪物耳！”[12]這段話頗能說中肯綮，明末清初大多數高官顯貴在天翻地覆的大變亂之際，最關切的是千方百計維護自己聚斂起來的巨額財富，國家民族的利益被置之度外。