隆武朝廷和魯監國政權都是在國內民族矛盾上升為主要矛盾的形勢下建立的，它們的共同特點是抗清複明。由於魯監國政權控製區太小，影響有限，這裏著重敘述隆武朝廷的大政方針。
第一，在總體戰略上，弘光朝廷以“平寇”（鎮壓農民起義）為主；隆武朝廷改為“禦虜”（抗清）為主。這自然是形勢造成的，正如順治二年十月清廷派遣的招撫江西孫之獬揭帖中所說：“福藩喚醒唐藩之迷，馬士英喚醒黃道周之迷。”[4]奉行“聯虜平寇”方針的弘光朝廷在南下清軍鐵騎的衝擊下土崩瓦解，擁明勢力終於認識到社稷存亡的主要威脅是滿洲貴族建立的清朝。朱聿鍵能夠洞察客觀條件的變化，總結弘光覆亡、潞王降清的教訓，不失時機地樹立起抗清大旗，符合漢族百姓反對滿洲貴族強製推行的剃發改製等民族壓迫政策的願望，畢竟是難能可貴的。他即位十天後，就誅殺清朝派來招降的使者馬得廠，敕諭文武臣民曰：“朕今痛念祖陵，痛惜百姓。狂彝汙我宗廟，害我子民，**掠剃頭，如在水火。朕今誅清使、旌忠臣外，誓擇於八月十八日午時，朕親統禦禦營中軍平彝侯鄭芝龍、禦營左先鋒定清侯鄭鴻逵，統率六師，禦駕親征……”[5]這次親征由於鄭芝龍兄弟的阻撓，沒有實現。朱聿鍵在基本政策上的轉變，仍然值得稱道。聯合農民軍共同抗清，是從隆武時期開始的。後來的曆史證明，如果沒有大順、大西農民軍的聯明抗清，南明政權絕對延續不了近二十年之久。
第二，朱聿鍵針對萬曆以來黨爭給國事帶來的危害，提出了消除黨爭，“用舍公明”的方針。就任監國時，他親自撰寫了“縉紳”“戎政”“儒林”三篇《便覽》。其中說：“蓋國家之治，必文武和於上，始民兵和於下。不然，立敗之道也。”“孤惟帝王之禦世也，必本祖法而出治。治不獨出於帝王，必與文武之賢者共之。始於得賢將相，終於得賢百職，四海兆民，方有信賴。民安則華強彝服矣。……帝王量大，則識必高。識高，必用舍公明。又何有乎東林、門戶，魏黨、馬黨之紛紛哉！嗚呼，三黨成，偏安矣；四黨成，一隅矣！”下文說，他“監國閩省，創設有司，約率眾而本己，官不備以惟人；焦勞昕夜，惟賢是求”[6]。同年八月二十七日，親出考選推官策題雲：“曆代之受患，莫過於群臣朋黨之最大。於今兩京之覆，二帝之傷，皆此故也。……大明開天，黨肇於神廟之季。東林、魏黨；門戶、馬黨，交激遞變，而有如此之痛效矣。朕今誌在**平，盡去諸黨之名，惟在廷嚴說謊之條，在外正貪婪之罰。……邇日在廷，似猶有不醒之迷，欲啟水火之戰，朕甚懼焉！何道可底太平大公，令文武真和衷而共濟乎？……朕今亦曰：‘去寇易，去黨難。’然黨不去，寇不驅也，審矣。”[7]隆武二年（1646）正月，又在詔書中說：“此後真正魏黨，亦與一概滌寬。但責後效，不計已往。蓋中興之時事，臣民悔過且與維新，況輕於此者乎！”[8]當時，弘光朝首輔馬士英在浙東成了過街老鼠，日子很不好過，要求入仙霞關朝見。隆武帝內心裏是歡迎他的，鄭芝龍同馬士英關係較好，也主張收用馬士英。可是，朝廷上許多文臣都表示強烈反對，禮部尚書黃錦、太常寺卿曹學佺等上疏力爭。朱聿鍵隻好下詔定士英為“罪輔”“逆輔”，讓他在江浙“圖功自贖”[9]。對於弘光時依附馬士英的楊文驄父子，朱聿鍵優加委任（主要原因是在唐、魯爭立中楊氏父子站在隆武朝廷一邊）。隆武二年正月，在給楊文驄之子左都督楊鼎卿的詔書中特別轉達了他對馬士英的關切：“閣部臣馬士英，朕必不負其捧主之心，在輔臣亦當痛悔其誤陷聖安（弘光帝）之戾。諸臣萬疏千章，豈奪朕心公論？”[10]可見，隆武帝在用人取舍上力戒門戶之見，不咎既往，隻要參與抗清就量才錄用。在這一點上，不能不承認隆武帝的見識比那些以正人君子自命的東林—複社骨幹人士要高明得多。